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Structure paper

タイトルImpacts of DNA methylation on H2A.Z deposition and nucleosome stability.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 15, Year 2026
掲載日2026年7月7日
著者Rochelle M Shih / Yasuhiro Arimura / Hide A Konishi / Hironori Funabiki /
PubMed 要旨The histone variant H2A.Z and DNA methylation are enriched at mutually exclusive genomic segments, though its mechanistic bases remain unclear. Here, we examine DNA methylation's influence on the ...The histone variant H2A.Z and DNA methylation are enriched at mutually exclusive genomic segments, though its mechanistic bases remain unclear. Here, we examine DNA methylation's influence on the intrinsic stability of the H2A.Z nucleosome and chaperone-mediated H2A.Z deposition. Cryo-EM and endonuclease analyses suggest that DNA methylation subtly increases the openness and accessibility of the H2A.Z nucleosome on satellite II-derived DNA sequences. In transcriptionally silent egg extracts, H2A.Z preferentially associates with unmethylated DNA though a substantial proportion of H2A.Z is recruited to methylated DNA. Preferential H2A.Z deposition to unmethylated DNA depends on the SRCAP complex, whose DNA binding is suppressed by methylation, while an SRCAP-independent and DNA methylation-insensitive mechanism for H2A.Z deposition also exists. Altogether, we propose that SRCAP drives the biased association of H2A.Z to unmethylated DNA, while additional mechanisms, potentially taking advantage of the subtle DNA methylation-induced physical effects, further assist the exclusion of H2A.Z from methylated DNA.
リンクElife / PubMed:42411467 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.78 - 3.14 Å
構造データ

70473

9ogr

9oh0

EMDB-70473: Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated Sat2R-P DNA
PDB-9ogr: Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated Sat2R-P DNA (v1)
PDB-9oh0: Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated Sat2R-P DNA (v2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

70474

9ogs

9ogz

EMDB-70474, PDB-9ogs:
Cryo-EM analysis of human H2A.Z on Sat2R-P DNA (v1)
PDB-9ogz: Cryo-EM analysis of human H2A.Z on Sat2R-P DNA (v2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

70480

9oh1

EMDB-70480, PDB-9oh1:
Cryo-EM analysis of human H2A.Z on 601L DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

70481

9oh2

EMDB-70481, PDB-9oh2:
Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated 601L DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nucleosome / H2A.Z / DNA methylation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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