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タイトルA flexible peptide linking the periplasmic and cytoplasmic domains of MxiG controls type III secretion signaling and stable sorting platform assembly in .
ジャーナル・号・ページFront Cell Infect Microbiol, Vol. 15, Page 1611779, Year 2025
掲載日2025年8月4日
著者Shoichi Tachiyama / Meena Muthuramalingam / Sean K Whittier / Yunjie Chang / Jian Yue / Waleed Younis / Wendy L Picking / Jun Liu / William D Picking /
PubMed 要旨 uses its type III secretion system (T3SS) to invade human enterocytes. The T3SS injectisome is controlled by proteins at the tip of an exposed needle that sense host cell contact. Substrate ... uses its type III secretion system (T3SS) to invade human enterocytes. The T3SS injectisome is controlled by proteins at the tip of an exposed needle that sense host cell contact. Substrate selection and powering of secretion is controlled by a cytoplasmic assembly called the sorting platform (SP). The SP possesses six pod structures linked to a central ATPase via radial spokes. The SP associates with the injectisome inner membrane ring (IR) via the adaptor protein MxiK. The major IR component is MxiG, whose globular periplasmic domain (MxiG) packs with MxiJ in a 24-fold symmetry. MxiG also has a transmembrane helix attached to a small cytoplasmic domain (MxiG) via a flexible linker peptide. Change from the IR's 24-fold symmetry to six-fold symmetry for the SP in occurs via MxiG pairs that associate with MxiK. The intervening pairs shift to the center of the IR/SP assembly, which is distinct from what is seen for . This implicates the linker in dynamic motions at the IR-SP interface, but the functional importance of the linker is unknown. Using a library of mutants, we found that the linker can accept diverse mutations without eliminating injectisome function. However, some mutants were found to give rise to subpopulations able to form needles and secrete effectors in the absence of a stably assembled SP. Mutants lacking the entire linker could not secrete any effector proteins (e.g. the IpaD tip protein) and had no T3SS-related virulence functions, however, there were subpopulations that could still secrete MxiH and assemble visible needles. In contrast, a very short linker could export IpaD to the needle tip, but could not rapidly respond to external secretion signals and were thus unable to quickly enter epithelial cells. These findings implicate the MxiG linker in signaling processes that are sensed at the needle tip. Our findings suggest that the native MxiG linker peptide has evolved to maximize T3SS function at steps beyond needle formation, while needle formation can occur even when the SP is highly destabilized.
リンクFront Cell Infect Microbiol / PubMed:40831705 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度34.08 - 51.74 Å
構造データ

EMDB-70158: In-situ structure of the injectisome of Shigella flexneri with needle from mxiG linker mutant with three EAAAR motifs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 41.3 Å

EMDB-70160: In-situ structure of the injectisome of Shigella flexneri without needle from mxiG linker mutant with three EAAAR motifs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.28 Å

EMDB-70161: In-situ structure of the injectisome of Shigella flexneri without needle from mxiG linker deletion mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 41.59 Å

EMDB-70162: In-situ structure of the injectisome of Shigella flexneri with needle from mxiG linker deletion mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 51.74 Å

EMDB-70165: In-situ structure of the injectisome of Shigella flexneri with needle from mxiG linker deletion 111-124 mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 34.08 Å

EMDB-70166: In-situ structure of the injectisome of Shigella flexneri without needle from mxiG linker deletion 111-124 mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 39.65 Å

由来
  • Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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