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タイトルInhibition mechanism of the fungal β-1,3-glucan synthases by triterpenoid antifungal drugs.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年2月4日
著者Zi-Long You / Lei Sun / Le-Xuan Wang / Yue-Ran Ni / Rui-Qing Lyu / Dan-Dan Chen / Cai-Hong Yun / Tiefeng Song / Yinggai Song / Lin Bai /
PubMed 要旨β-1,3-glucan synthase is the molecular target for triterpenoid and echinocandin antifungal drugs in clinical. It catalyzes the formation of β-1,3-glucan, which is the primary component of the ...β-1,3-glucan synthase is the molecular target for triterpenoid and echinocandin antifungal drugs in clinical. It catalyzes the formation of β-1,3-glucan, which is the primary component of the fungal cell wall. However, the inhibition mechanism of β-1,3-glucan synthase by triterpenoid drugs remains unclear. In this study, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Saccharomyces cerevisiae β-1,3-glucan synthase Fks1 and Fks2 in the apo state, the triterpenoid drug enfumafungin-bound state, and an open state. Structural analysis along with mutagenesis reveals the enfumafungin binding site, and the mechanism of the clinical drug-resistant mutations of the β-1,3-glucan synthases. Remarkably, the enfumafungin attaches on a single transmembrane helix TM5 of the β-1,3-glucan synthases, reorganizes its nearby lipid environment, and stabilizes the enzyme in a specific basal state with intact active site. Moreover, we elucidate that both the basal state and the open state are essential for FKS's glycosyltransferase activity. Our research also shows that Fks2 is highly conserved with Fks1 in terms of structure, activity, and drug inhibition. These findings provide deep insights into the fungal cell wall synthesis, and will facilitate the development of antifungal drugs targeting β-1,3-glucan synthase.
リンクNat Commun / PubMed:41639077 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.97 - 3.72 Å
構造データ

EMDB-66359, PDB-9wy1:
Cryo-EM structure of Fks1 in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-66407, PDB-9wzs:
Cryo-EM structure of Fks2 in complex with enfumafungin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-66408, PDB-9wzt:
Cryo-EM structure of Fks2 in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.64 Å

EMDB-66409, PDB-9wzu:
Cryo-EM structure of Fks1 in complex with enfumafungin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-66410, PDB-9wzv:
Cryo-EM structure of Fks1 with intact active site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

EMDB-66411, PDB-9wzx:
Cryo-EM structure of Fks1 in open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

EMDB-66419, PDB-9x04:
Cryo-EM structure of Fks2 with intact active site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

化合物

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

ChemComp-ERG:
ERGOSTEROL

PDB-1e06:
Porcine Odorant Binding Protein Complexed with 5-methyl-2-(1-methylethyl)phenol

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / 1 / 3-beta-glucan synthase component FKS1 / Complex / 3-beta-glucan synthase component GSC2 / enfumafungin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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