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タイトルPublic antibody clonotypes and deep learning identify SARS-CoV-2 and HIV broadly neutralizing antibodies in immune repertoires.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 45, Issue 7, Page 117582, Year 2026
掲載日2026年6月19日
著者Lizhi Zhou / Zhili Yu / Shutian Lin / Yanan Jiang / Jiahua Gao / Yue Ma / Wenling Jiang / Siting Liang / Yiqing Chen / Yiwen Zhang / Yanqing Lin / Min Liang / Jingyu Dai / Lisha Zhang / Yuxuan Xiao / Tingting Li / Zhibo Kong / Qingyuan Liu / Shaogui He / Yangtao Wu / Quan Yuan / Fan Liu / Jun Zhang / Qingbing Zheng / Hai Yu / Ying Gu / Shaowei Li / Ningshao Xia /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) are essential for the development of vaccines and therapeutics against rapidly evolving pathogens like HIV and SARS-CoV-2, yet traditional discovery methods ...Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) are essential for the development of vaccines and therapeutics against rapidly evolving pathogens like HIV and SARS-CoV-2, yet traditional discovery methods remain technically challenging and time consuming. Here, we introduce ClonoDeep, an AI-powered platform that integrates public antibody clonotypes with a sequence-based deep learning model to directly identify bnAbs from a large-scale immune repertoire, independent of antigen-specific immunization. Applied to SARS-CoV-2 repertoires, ClonoDeep identified 18 clonotype-derived antibody candidates; 83% of the candidates were neutralizing antibodies, and 8 of these antibodies demonstrated broad neutralization across variants. Structural analysis revealed that somatic hypermutations at HCDR3 His107/Gly109 are key enhancers of the binding affinity and neutralizing breadth. Extending to HIV, ClonoDeep uncovered three previously unreported bnAbs from non-HIV cohorts, indicating that rare bnAb-like precursors exist in non-HIV cohort repertoires. ClonoDeep establishes a high-throughput computational approach for mining neutralizing antibodies from antibody repertoires shaped by non-pathogen-specific immunity and provides design principles to guide vaccine strategies against genetically diverse pathogens.
リンクCell Rep / PubMed:42319828
手法EM (単粒子)
解像度2.97 - 3.74 Å
構造データ

EMDB-65044: Structure of SARS-CoV-2 Spike in complex with antibodies S309 and CT1-5.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

EMDB-65049: Structure of SARS-CoV-2 Spike in complex with antibodies S309 and CT1-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

66051

9wla

EMDB-66051, PDB-9wla:
Local refinement region of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with antibodies CT1-5.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

66052

9wlb

EMDB-66052, PDB-9wlb:
Local refinement region of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with antibodies S309 and CT1-1.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / RBD / Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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