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タイトルThe antiphage mechanism of a widespread trypsin-MBL defense module.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Year 2026
掲載日2026年6月4日
著者Pingping Huang / Jingxian Liu / Lijie Guo / Dongyang Xu / Lingbo Shen / Purui Yan / Chen Tong / Wenying Fei / Mengjun Cheng / Zhaoxing Li / Meiling Lu / Lei Zhang / Nannan Wu / Lian-Wen Qi / Yibei Xiao / Meirong Chen /
PubMed 要旨Protease-mediated activation of immune effectors is an evolutionarily conserved mechanism. This study identifies a widespread trypsin-MBL (metallo-β-lactamase) module as a core effector in diverse ...Protease-mediated activation of immune effectors is an evolutionarily conserved mechanism. This study identifies a widespread trypsin-MBL (metallo-β-lactamase) module as a core effector in diverse antiviral bacterial immune systems, such as Hachiman, AVAST and Argonaute. Focusing on the Hachiman-associated trypsin-MBL system, we show that trypsin•HamAB protease activity is inhibited by ATP, while MBL is an autoinhibited DNase with two insertion loops obstructing its catalytic site. Upon infection, trypsin•HamAB senses foreign DNA and hydrolyzes ATP, activating trypsin-like activity, which specifically cleaves MBL at the insertion loops to release repression. The activated MBL depletes DNA and arrests host cell growth. Cryo-electron microscopy structures of trypsin•HamAB-DNA reveal that DNA binding and ATP hydrolysis trigger HamAB oligomerization and trypsin-like domain release, enabling its activation. Our work elucidates a conserved immune mechanism wherein proteolytic activation of a nuclease enables robust immunity against phage while multilayered controls prevent self-toxicity, expanding the repertoire of immune processes governed by regulatory proteolysis.
リンクNat Chem Biol / PubMed:42243536
手法EM (単粒子)
解像度3.22 - 3.5 Å
構造データ

65964

9wh1

EMDB-65964, PDB-9wh1:
Structure of Klebsiella pneumoniae trypsin-HamAB bound with DNA, monomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

65968

9whk

EMDB-65968, PDB-9whk:
Structure of Klebsiella pneumoniae trypsin-HamAB bound with DNA, dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

65977

9whu

EMDB-65977, PDB-9whu:
Structure of Klebsiella pneumoniae trypsin-HamAB bound with DNA, trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

由来
  • klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ATPase / Helicase / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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