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Structure paper

タイトルStructural insights into toxicant export mediated by ABCC2 in Arabidopsis thaliana.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 11554, Year 2025
掲載日2025年12月22日
著者Xuan Qiu / Zhisen Yang / Yongxiang Gao / Linfeng Sun / Xin Liu /
PubMed 要旨Plants are highly vulnerable to damage from environmental pollutants, making detoxification mechanisms essential for sustaining growth and development. ABCC2 in Arabidopsis thaliana (AtABCC2) plays a ...Plants are highly vulnerable to damage from environmental pollutants, making detoxification mechanisms essential for sustaining growth and development. ABCC2 in Arabidopsis thaliana (AtABCC2) plays a critical role in detoxification by exporting diverse toxic compounds. Here, we report the structures of AtABCC2 in three distinct states: substrate-free, bound to the substrate S-(2,4-dinitrophenyl)glutathione (DNP-GS), and bound to ATP. Both monomeric and dimeric forms of AtABCC2 are observed. Unlike other dimeric ABCC homologs, AtABCC2 features a dimer interface mediated by its transmembrane domains. DNP-GS occupies an amphipathic cavity formed by the transmembrane domains. ATP binding drives the conformational changes in each protomer which bring the transmembrane and nucleotide-binding domains closer together, transitioning the transporter from a cytosolic-facing to an occluded state. Together, these findings advance our understanding of the molecular basis of substrate binding and transport by AtABCC2, and shed light on plant detoxification mechanisms.
リンクNat Commun / PubMed:41430060 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.42 - 4.2 Å
構造データ

63111

9li5

EMDB-63111, PDB-9li5:
Structure of the wild-type ABCC2 in Arabidopsis thaliana in the apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

63112

9li6

EMDB-63112, PDB-9li6:
Structure of ABCC2(E1404Q) in Arabidopsis thaliana in the DNP-GS bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

63113

9li7

EMDB-63113, PDB-9li7:
Structure of ABCC2(E1404Q) in Arabidopsis thaliana in the apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

63114

9li9

EMDB-63114, PDB-9li9:
Structure of ABCC2(E1404Q) in Arabidopsis thaliana in the ATP bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

65934

9wfp

EMDB-65934, PDB-9wfp:
Structure of ABCC2(E1404Q) monomer in Arabidopsis thaliana in the DNP-GS bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

65935

9wfq

EMDB-65935, PDB-9wfq:
Structure of the wild-type ABCC2 dimer in Arabidopsis thaliana in the apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-GDN:
GLUTATHIONE S-(2,4 DINITROBENZENE)

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Plant detoxification effect / Transporter / ABCC2 protein / PROTEIN TRANSPORT

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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