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Structure paper

タイトルStructures of the measles virus polymerase complex with non-nucleoside inhibitors and mechanism of inhibition.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 188, Issue 18, Page 4913-4923.e13, Year 2025
掲載日2025年9月4日
著者Yiru Wang / Lixia Zhao / Yi Zhang / Xiuxia Gao / Yannan Wang / Wenping Shi / Roger D Kornberg / Heqiao Zhang /
PubMed 要旨The measles virus (MeV), a highly contagious non-segmented negative-sense RNA virus in the Paramyxoviridae family, causes millions of infections annually, with no approved antivirals available. The ...The measles virus (MeV), a highly contagious non-segmented negative-sense RNA virus in the Paramyxoviridae family, causes millions of infections annually, with no approved antivirals available. The viral polymerase complex, comprising the large (L) protein and the tetrameric phosphoprotein (P), is a key antiviral target. We determined the cryo-electron microscopy structures of the MeV polymerase complex alone and bound to two non-nucleoside inhibitors, ERDRP-0519 and AS-136A. Inhibitor binding induces a conformational change in the catalytic loop, allosterically locking the polymerase in an inactive "GDN-out" state. These findings led to the proposal that ERDRP-0519 would also be effective against Nipah virus (NiV), a highly pathogenic virus with no available antivirals. This proposal was confirmed by structure determination of the NiV polymerase complex and by inhibition of transcription.
リンクCell / PubMed:40628260
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.4 Å
構造データ

62459

9knq

EMDB-62459, PDB-9knq:
Measles virus L-P complex in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

62461

9knt

EMDB-62461: Polymerase complex-inhibitor IERDRP-0519-bound measles virus L-P complex
PDB-9knt: ERDRP-0519-bound measles virus L-P complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

62463

9knv

EMDB-62463, PDB-9knv:
AS-136A-bound measles virus L-P complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

62467

9knz

EMDB-62467, PDB-9knz:
ERDRP-0519-bound Nipah virus L-P complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

PDB-1ef9:
THE CRYSTAL STRUCTURE OF METHYLMALONYL COA DECARBOXYLASE COMPLEXED WITH 2S-CARBOXYPROPYL COA

PDB-1ega:
CRYSTAL STRUCTURE OF A WIDELY CONSERVED GTPASE ERA

由来
  • Measles virus (strain Ichinose-B95a) (ウイルス)
  • measles virus strain ichinose-b95a (ウイルス)
  • ParamyxoviridaeMeasles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
  • henipavirus nipahense (ウイルス)
キーワードTRANSCRIPTION / Measles virus / L-P complex / polymerase complex / nsNSV / cryo-EM / Complex / AS-136A / ERDRP-0519 / Nipah virus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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