[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-EM structure and dynamic basis of phosphate uptake by PHT1 in rice.
ジャーナル・号・ページDev Cell, Vol. 61, Issue 1, Page 164-177.e6, Year 2026
掲載日2026年1月14日
著者Zhangmeng Du / Zeyuan Guan / Hai Liu / Jie Zhang / Haitao He / Zhiwen Zheng / Wenhui Zhang / Lihuan Jiang / Jiaqi Zuo / Yan Liu / Beijing Wan / Haifu Tu / Faming Dong / Xuelei Lai / Lizhong Xiong / Ping Yin / Shaowu Xue / Yanke Chen / Zhu Liu /
PubMed 要旨Phosphorus is an essential macronutrient for plants, primarily absorbed from the soil as inorganic phosphate (Pi) through root-located Pi transporters. Despite decades of research into these ...Phosphorus is an essential macronutrient for plants, primarily absorbed from the soil as inorganic phosphate (Pi) through root-located Pi transporters. Despite decades of research into these transporters as targets for developing Pi-efficient crops, their mechanisms for Pi import remain poorly understood. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the rice Pi importer OsPHT1;11 in both Pi-bound and unbound forms, characterize its conformational dynamics, and demonstrate how these dynamics contribute to its transport function. Pi is recognized through conserved residues found in plants, with its translocation facilitated by a typical alternating-access mechanism. Single-molecule fluorescence resonance energy transfer (smFRET) analyses show that this transporter undergoes dynamic conformational fluctuations, which are differentially linked to its Pi transport capability, with a predominance of extracellular open conformations favoring Pi transport, while more populated intracellular open conformations hinder it. These findings highlight key conformational determinants of transport activity and provide mechanistic insights into Pi uptake in plants.
リンクDev Cell / PubMed:41005295
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.4 Å
構造データ

62441

9kmq

EMDB-62441, PDB-9kmq:
CryoEM structure of osPHT1-11 at pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

62480

9kou

EMDB-62480, PDB-9kou:
CryoEM structure of osPHT1-11 at pH 5.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

由来
  • oryza sativa subsp. japonica (イネ)
  • oryza sativa japonica group (イネ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / phosphorus / rice / uptake

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る