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タイトルThe hemagglutinin-like proteins of basal vertebrate influenza-like viruses exhibit sialic-acid receptor binding disparity and their structural bases.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 21, Issue 11, Page e1013640, Year 2025
掲載日2025年11月26日
著者Di Zhang / Kefang Liu / Yufeng Xie / Junqing Sun / Wei Zhang / Haixia Xiao / Yi Shi / William J Liu / George F Gao / Chuxia Deng / Feng Gao /
PubMed 要旨In 2018, two novel influenza-like virus genomes were first identified in basal vertebrates: the Asiatic toads (Bufo gargarizans) and spiny eels (Mastacembelus aculeatus). Their hemagglutinin (HA) ...In 2018, two novel influenza-like virus genomes were first identified in basal vertebrates: the Asiatic toads (Bufo gargarizans) and spiny eels (Mastacembelus aculeatus). Their hemagglutinin (HA) proteins exhibit remarkably low amino acid sequences homology (23.0% and 42.8%, respectively) compared to influenza B virus (IBV), their closest canonical influenza virus relative. This study revealed that the Asiatic toad influenza-like virus HA (tHA) demonstrates dual receptor specificity, bound both α2-3 (avian-type) and α2-6 (human-type) sialic acid (SA) receptors, whereas the spiny eel influenza-like virus HA (eHA) lacks this capability. Biophysical characterization showed reduced thermal stability (lower Tm values) for both tHA and eHA compared to canonical influenza HA. Furthermore, we determined the cryo-EM structures of apo-tHA, tHA in complex with either α2-3 SA receptor or α2-6 SA receptor, as well as apo-eHA and eHA bound to GM2 complex. Our analysis revealed that tHA has a shorter length and looser HA trimer packing compared to canonical HA. These findings collectively indicate that influenza-like viruses in basal vertebrates have evolutionarily acquired dual SA receptor-binding capacity, a trait critical for cross-species transmission in influenza viruses. However, the observed thermolability of these HA proteins suggests that host physiological temperatures may impose a barrier to zoonotic spillover.
リンクPLoS Pathog / PubMed:41296766 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.37 - 2.95 Å
構造データ

37532

8wh7

EMDB-37532, PDB-8wh7:
Structure of hemagglutinin from Asiatic toad influenza-like virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.65 Å

37567

8wis

EMDB-37567, PDB-8wis:
Structure of hemagglutinin from Asiatic toad influenza-like virus complexed with human receptor analog LSTc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

62290

9ked

EMDB-62290, PDB-9ked:
Cryo-EM structure of spiny eel influenza-like virus HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-65498: Cryo-EM structure of spiny eel influenza-like virus HA and GM2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

65618

9w44

EMDB-65618, PDB-9w44:
Structure of hemagglutinin from Asiatic toad influenza-like virus complexed with avian receptor analog LSTa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • wuhan asiatic toad influenza virus (インフルエンザウイルス)
  • wuhan spiny eel influenza virus (インフルエンザウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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