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Structure paper

タイトルCryo-EM structures of mouse bestrophin 1 channel in closed and partially open conformations.
ジャーナル・号・ページMol Cells, Vol. 48, Issue 5, Page 100208, Year 2025
掲載日2025年3月3日
著者Kwon-Woo Kim / Euna Lee / Ara Ko / Junmo Hwang / Kunwoong Park / Byoung-Cheol Lee / Ki Woo Kim / Won-Jong Oh / Kyuhyung Kim / Hyun-Ho Lim /
PubMed 要旨Bestrophin 1 (BEST1) channels are calcium-activated Cl channels involved in diverse physiological processes, including gliotransmitter release in astrocytes. Although human and chicken BEST1 ...Bestrophin 1 (BEST1) channels are calcium-activated Cl channels involved in diverse physiological processes, including gliotransmitter release in astrocytes. Although human and chicken BEST1 orthologs have been extensively studied, the structural and functional properties of mouse BEST1 (mBEST1) remain poorly understood. In this study, we characterized the structure-function of mBEST1-BF, a C-terminally tagged variant, using whole-cell patch-clamp recordings, surface biotinylation assays, and single-particle cryo-electron microscopy. Cryo-electron microscopy structural analysis of mBEST1-BF revealed closed and partially open conformations. Comparative analysis with human and chicken BEST1 orthologs highlighted conserved calcium-binding and gating mechanisms, with distinct features in mBEST1, including a wider aperture sufficient to accommodate dehydrated Cl ions and potential anion-binding sites near Val205 and Gln208 residues. The disordered C-terminal region of mBEST1 remains unresolved, suggesting it may require stabilizing factors for structural determination. Additionally, the autoinhibitory domain, which includes Ser354, likely plays a key role in regulating gating, with Ser354 potentially serving as a phosphorylation site that modulates channel activity. Our findings provide structural and functional insights into mBEST1 and suggest mechanisms underlying its unique gating and ion permeation properties.
リンクMol Cells / PubMed:40043778 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.18 Å
構造データ

62246

9kc9

EMDB-62246, PDB-9kc9:
Cryo-EM structure of docked mouse bestrophin-1 in a partial open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

62247

9kca

EMDB-62247, PDB-9kca:
Cryo-EM structure of docked mouse bestrophin-1 in a closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

62483

9kp6

EMDB-62483, PDB-9kp6:
Cryo-EM structure of mouse bestrophin-1 in a closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Docked / Partial open / Calcium-bound / closed

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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