[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructures and mechanisms of the ABC transporter ABCB1 from Arabidopsis thaliana.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 5, Page 903-915.e5, Year 2025
掲載日2025年5月1日
著者Qian Chen / Li Zhu / Sufen Zhang / Shuai Qiao / Zhong Jie Ding / Shao Jian Zheng / Jiangtao Guo / Nannan Su /
PubMed 要旨The Arabidopsis thaliana auxin transporter ABCB1 plays a fundamental role in the regulation of plant growth and development. While its homolog ABCB19 was previously shown to transport ...The Arabidopsis thaliana auxin transporter ABCB1 plays a fundamental role in the regulation of plant growth and development. While its homolog ABCB19 was previously shown to transport brassinosteroids (BR), another class of essential hormones, the ability of ABCB1 to mediate BR transport has remained unexplored. In this study we show that ABCB1 also transports brassinosteroids with an in vitro brassinolide (BL) transport assay. Using single-particle cryo-electron microscopy, we determined ABCB1 structures in multiple inward-facing conformations in the apo state, ANP-bound state, BL-bound state, and the both BL- and ANP-bound state. BL binds to the large cavity of two transmembrane domains, inducing a slight conformational change. Additionally, we obtained the structure of ABCB1 in an outward-facing conformation. By comparing these different conformations, we elucidated the possible mechanism of hormone transport by ABCB1. These high-resolution structures help us to understand the structural basis for hormone recognition and transport mechanisms of ABCB1.
リンクStructure / PubMed:40101709
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.4 Å
構造データ

EMDB-61827, PDB-9juj:
Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 in the inward-facing conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-61828, PDB-9juk:
Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with AMP-PNP bound in the inward-facing conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-61829, PDB-9jul:
Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with brassinolide bound in the inward-facing conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-61830, PDB-9jum:
Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with brassinolide and AMP-PNP bound in the inward-facing conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-61831, PDB-9jun:
Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 in the inward-facing conformation under IAA condition
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-61832, PDB-9juo:
Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with AMP-PNP bound in the inward-facing conformation under IAA condition
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-61833, PDB-9jup:
Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with AMP-PNP bound in the outward-facing conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-BLD:
Brassinolide

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABCB1 / auxin transport / brassinolide (BL) transport

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る