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タイトルStructural polymorphism of two-dimensional lattices assembled from baculoviral capsid proteins.
ジャーナル・号・ページVirol Sin, Vol. 40, Issue 6, Page 935-945, Year 2025
掲載日2025年11月19日
著者Kexing Tian / Heya Na / Yan Fu / Tingting Chong / Chao Leng / Fanxing Meng / Yaozhou Liang / Manli Wang / Zhihong Hu / Xi Wang / Guibo Rao / Sheng Cao /
PubMed 要旨Protein nanotubes (PNTs) can be regarded as two-dimensional (2D) lattices with p1 or p2 symmetry rolled into tubes. However, attempts to re-assemble their building blocks into stable 2D nanomaterials ...Protein nanotubes (PNTs) can be regarded as two-dimensional (2D) lattices with p1 or p2 symmetry rolled into tubes. However, attempts to re-assemble their building blocks into stable 2D nanomaterials often fail. Here, starting from two baculoviral capsid proteins, we screened protein variants for the in vitro assembly of various nanotubes and nanosheets. These high-order assemblies were structurally characterized by cryo-electron microscopy techniques. Interfacial analysis of three groups of PNTs revealed that helical heterogeneity is largely the result of the redundancy of p2 symmetry-related contacting interfaces. The assembled nanosheets showed similar interfacial networks to their nanotubular counterparts. In addition, foreign macromolecules could be efficiently displayed on the size-controllable double-layered nanosheets. This study sheds light on the rational design of flexible nanosheets, and it also provides novel 2D protein scaffolds for developing biocompatible materials.
リンクVirol Sin / PubMed:41265796
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度2.8 - 6.6 Å
構造データ

EMDB-39489: Cryo-EM structure of H11 nanotubes assembled from baculovirus capsid protein
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-39492: Cryo-EM structure of H12 nanotubes assembled from baculovirus capsid protein
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-61711: H14 nanotubes assembled from baculovirus capsid protein
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

61712

9jpr

EMDB-61712, PDB-9jpr:
Local refinement of H11 nanotubes assembled from baculovirus capsid protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

61713

9jps

EMDB-61713, PDB-9jps:
Local refinement of H12 nanotubes assembled from baculovirus capsid protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

61714

9jpt

EMDB-61714, PDB-9jpt:
Local refinement of H14 nanotubes assembled from baculovirus capsid protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-61996: A7 nanotubes assembled from baculovirus capsid protein
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.6 Å

61997

9k2o

EMDB-61997, PDB-9k2o:
Local refinement of A7 nanotubes assembled from baculovirus capsid protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

由来
  • helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
  • Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
  • autographa californica nuclear polyhedrosis virus (ウイルス)
  • schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid protein / self-assembly / Baculovirus / nanotube

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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