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タイトルAntimalarial drug artemisinin stabilizes PfRACK1 binding to the ribosome.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 8, Page 1386-11397.e5, Year 2025
掲載日2025年8月7日
著者Ka Diam Go / Xin-Fu Yan / Grennady Wirjanata / Rya Ero / Samuel Pazicky / Jerzy Dziekan / Seth Tjia / Julien Lescar / Zbynek Bozdech / Yong-Gui Gao /
PubMed 要旨Artemisinin and its derivatives represent the core agents in artemisinin combination therapies that are the current frontline treatment for P. falciparum and P. vivax malaria infections. Artemisinins ...Artemisinin and its derivatives represent the core agents in artemisinin combination therapies that are the current frontline treatment for P. falciparum and P. vivax malaria infections. Artemisinins are known to bind a wide array of proteins that disrupt the parasite's cellular physiology. Here, we show that artemisinins' cytotoxic activity involves structural alteration of key P. falciparum macromolecular complexes, including the ribosome, proteasome, and T-complex. The structural analysis revealed that, following artemisinin treatment, a larger population of Pf80S ribosomes binds PfRACK1. Unlike in most eukaryotes, PfRACK1 does not interact with the C-terminal tail of the r-protein uS3 that in Plasmodium is truncated. This likely suggests an evolved role of uS3 in facilitating RACK1-mediated translational regulation, which would potentially benefit the parasite under certain conditions. Stabilization of RACK1 ribosome interaction likely contributes to artemisinins' mode of action.
リンクStructure / PubMed:40480224
手法EM (単粒子)
解像度2.36 - 3.98 Å
構造データ

EMDB-61258: High-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to E-tRNA (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

EMDB-61259: High-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to E-tRNA (Large Ribosomal Subunit)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-61260: High-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to E-tRNA (Small Ribosomal Subunit Body)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-61261: High-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to E-tRNA (Small Ribosomal Subunit Head)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-61262: High-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to RACK1 and E-tRNA (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.45 Å

EMDB-61263: High-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to RACK1 and E-tRNA (Large Ribosomal Subunit)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.36 Å

EMDB-61264: High-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to RACK1 and E-tRNA (Small Ribosomal Subunit Body)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.47 Å

EMDB-61265: High-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to RACK1 and E-tRNA (Small Ribosomal Subunit Head)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

EMDB-61272, PDB-9j9h:
High-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to RACK1 and E-tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.45 Å

EMDB-61273, PDB-9j9i:
High-resolution cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to E-tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

EMDB-61274: Cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to RACK1 and E-tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.98 Å

EMDB-61275: Cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to E-tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • plasmodium falciparum 3d7 (マラリア病原虫)
キーワードRIBOSOME / cryo-EM / Plasmodium falciparum

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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