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タイトルNeutralizing antibodies against Chikungunya virus and structural elucidation of their mechanism of action.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 9682, Year 2025
掲載日2025年11月3日
著者Xiaonan Han / Chengfan Ji / Siyu Tian / Fengze Wang / Guo-Ping Cao / Ding Li / Xiaomin Duan / Zhou Tong / Jianxun Qi / Qihui Wang / Qingrui Huang / Bing-Dong Zhan / George Fu Gao / Jinghua Yan /
PubMed 要旨Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-borne alphavirus that causes febrile illness and acute or chronic arthritis. Most therapeutics are still in the pre-clinical stage. In this study, we report ...Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-borne alphavirus that causes febrile illness and acute or chronic arthritis. Most therapeutics are still in the pre-clinical stage. In this study, we report the isolation of two neutralizing antibodies, C34 and C37, from a convalescent patient and investigate their mechanisms of action. Both C34 and C37 exhibit high neutralizing activities in vitro and demonstrate protective effects against CHIKV in a female mouse model. Our functional and structural studies reveal a mechanism that inhibits multiple stages of the virus infection cycle. Both antibodies bind with high affinity to an epitope spanning E2, E1, and the connecting β-strands, facilitating intra- and inter-virion crosslinking. Cryo-EM structures additionally identify a minor patch located beneath the E3 binding site on E2, which is allosterically exposed upon E3 dissociation during virus maturation. Functional and structural data further suggest that binding to the CHIKV receptor, Mxra8, is obstructed due to a clash between the antibodies and the stalk region of Mxra8. Our results highlight the potential of antibody-based therapeutics against CHIKV and elucidate the mechanisms of monoclonal antibody protection.
リンクNat Commun / PubMed:41184282 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.01 - 3.73 Å
構造データ

60966

9ixa

EMDB-60966, PDB-9ixa:
Cryo-EM structure of chikungunya virus glycoprotein E1-E2 with C34 Fab.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

60970

9ixi

EMDB-60970, PDB-9ixi:
VLP structure of Chikungunya virus, 2f block.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

60997

9iyi

EMDB-60997, PDB-9iyi:
VLP structure of Chikungunya virus complexed with C34 Fab, 2f block.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

61168

9j6d

EMDB-61168, PDB-9j6d:
Structure of Chikungunya virus infectious particles, 2f block.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

PDB-9iw2:
Chikungunya virus E protein complexed with C37 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / chikungunya / antibody / ANTIFUNGAL PROTEIN / VIRUS LIKE PARTICLE / alphavirus / VIRUS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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