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Structure paper

タイトルProtein design of two-component tubular assemblies similar to cytoskeletons.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 6738, Year 2025
掲載日2025年7月22日
著者Masahiro Noji / Yukihiko Sugita / Yosuke Yamazaki / Makito Miyazaki / Yuta Suzuki /
PubMed 要旨Recent advances in protein design have ushered in an era of constructing intricate higher-order structures. Nonetheless, orchestrating the assembly of diverse protein units into cohesive artificial ...Recent advances in protein design have ushered in an era of constructing intricate higher-order structures. Nonetheless, orchestrating the assembly of diverse protein units into cohesive artificial structures akin to biological assembly systems, especially in tubular forms, remains elusive. To this end, we develop a methodology inspired by nature, which utilises two distinct protein units to create unique tubular structures under carefully designed conditions. These structures demonstrate dynamic flexibility similar to that of actin filaments, with cryo electron microscopy revealing diverse morphologies, like microtubules. By mimicking actin filaments, helical conformations are incorporated into tubular assemblies, thereby enriching their structural diversity. Notably, these assemblies can be reversibly disassembled and reassembled in response to environmental stimuli, including changes in salt concentration and temperature, mirroring the dynamic behaviour of natural systems. This methodology combines rational protein design with biophysical insights, leading to the creation of biomimetic, adaptable, and reversible higher-order assemblies. This approach deepens our understanding of protein assembly design and complex biological structures. Concurrently, it broadens the horizons of synthetic biology and material science, holding significant implications for unravelling life's fundamental processes and enabling future applications.
リンクNat Commun / PubMed:40695817 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度9.7 - 26.0 Å
構造データ

EMDB-60617: Tubular PuuE complex with C4 symmetry
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 11.3 Å

EMDB-60618: Tubular PuuE complex with C5 symmetry
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.6 Å

EMDB-60619: Tubular PuuE complex with C6 symmetry
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 17.5 Å

EMDB-60620: Tubular PuuE D-loop complex with C3 symmetry
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.7 Å

EMDB-60621: Tubular PuuE D-loop complex with C4 symmetry
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 14.6 Å

EMDB-60622: Tubular PuuE D-loop complex with C5 symmetry
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 18.2 Å

EMDB-60623: Tubular PuuE D-loop complex with C6 symmetry
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 26.0 Å

由来
  • Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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