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タイトルOrganization of capsid-associated tegument components in Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 88, Issue 21, Page 12694-12702, Year 2014
掲載日2014年8月20日
著者Xinghong Dai / Danyang Gong / Ting-Ting Wu / Ren Sun / Z Hong Zhou /
PubMed 要旨Capsid-associated tegument proteins have been identified in alpha- and betaherpesviruses to play an essential role in viral DNA packaging. Whether and how such tegument proteins exist in ...Capsid-associated tegument proteins have been identified in alpha- and betaherpesviruses to play an essential role in viral DNA packaging. Whether and how such tegument proteins exist in gammaherpesviruses have been mysteries. Here, we report a 6-Å-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) virion, a member of the oncogenic gammaherpesvirus subfamily. The KSHV virion structure reveals, for the first time, how capsid-associated tegument proteins are organized in a gammaherpesvirus, with five tegument densities capping each penton vertex, a pattern highly similar to that in alphaherpesvirus but completely different from that in betaherpesvirus. Each KSHV tegument density can be divided into three prominent regions: a penton-binding globular region, a helix-bundle stalk region, and a β-sheet-rich triplex-binding region. Fitting of the crystal structure of the truncated HSV-1 UL25 protein (the KSHV ORF19 homolog) and secondary structure analysis of the full-length ORF19 established that ORF19 constitutes the globular region with an N-terminal, 60-amino-acid-long helix extending into the stalk region. Matching secondary structural features resolved in the cryo-EM density with secondary structures predicted by sequence analysis identifies the triplex-binding region to be ORF32, a homolog of alphaherpesvirus UL17. Despite the high level of tegument structural similarities between KSHV and alphaherpesvirus, an ORF19 monomer in KSHV, in contrast to a UL25 dimer in alphaherpesviruses, binds each penton subunit, an observation that correlates with conformational differences in their pentons. This newly discovered organization of triplex-ORF32-ORF19 also resolves a long-standing mystery surrounding the virion location and conformation of alphaherpesvirus UL25 protein.
IMPORTANCE: Several capsid-associated tegument proteins have been identified in the alpha- and betaherpesvirus subfamilies of the Herpesviridae. These tegument proteins play essential roles in viral propagation and are potential drug targets for curbing herpesvirus infections. However, no such tegument proteins have been identified for gammaherpesviruses, the third herpesvirus subfamily, which contains members causing several human cancers. Here, by high-resolution cryo-EM, we show the three-dimensional structure of the capsid-associated tegument proteins in the prototypical member of gammaherpesviruses, KSHV. The cryo-EM structure reveals that the organization of KSHV capsid-associated tegument proteins is highly similar to that in alphaherpesvirus but completely different from that in betaherpesvirus. Structural analyses further localize ORF19 and ORF32 proteins (the alphaherpesvirus UL25 and UL17 homologs in KSHV, respectively) in the KSHV capsid-associated tegument cryo-EM structure. These findings also resolve a long-standing mystery regarding the location and conformation of alphaherpesvirus UL25 protein inside the virion.
リンクJ Virol / PubMed:25142590 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度6.0 Å
構造データ

EMDB-6038:
Electron cryo-microscopy of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

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外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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