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タイトルSingle-particle EM reveals the higher-order domain architecture of soluble guanylate cyclase.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 111, Issue 8, Page 2960-2965, Year 2014
掲載日2014年2月25日
著者Melody G Campbell / Eric S Underbakke / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Michael A Marletta /
PubMed 要旨Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary nitric oxide (NO) receptor in mammals and a central component of the NO-signaling pathway. The NO-signaling pathways mediate diverse physiological ...Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary nitric oxide (NO) receptor in mammals and a central component of the NO-signaling pathway. The NO-signaling pathways mediate diverse physiological processes, including vasodilation, neurotransmission, and myocardial functions. sGC is a heterodimer assembled from two homologous subunits, each comprised of four domains. Although crystal structures of isolated domains have been reported, no structure is available for full-length sGC. We used single-particle electron microscopy to obtain the structure of the complete sGC heterodimer and determine its higher-order domain architecture. Overall, the protein is formed of two rigid modules: the catalytic dimer and the clustered Per/Art/Sim and heme-NO/O2-binding domains, connected by a parallel coiled coil at two hinge points. The quaternary assembly demonstrates a very high degree of flexibility. We captured hundreds of individual conformational snapshots of free sGC, NO-bound sGC, and guanosine-5'-[(α,β)-methylene]triphosphate-bound sGC. The molecular architecture and pronounced flexibility observed provides a significant step forward in understanding the mechanism of NO signaling.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:24516165 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度30.0 Å
構造データ

EMDB-5861:
Single-particle reconstruction of conformation I of ligand-free sGC (straight)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5862:
Single-particle reconstruction of conformation II of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5863:
Single-particle reconstruction of conformation III of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5864:
Single-particle reconstruction of conformation IV of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5865:
Single-particle reconstruction of conformation V of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5866:
Single-particle reconstruction of conformation VI of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5867:
Single-particle reconstruction of conformation VII of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5868:
Single-particle reconstruction of conformation VIII of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5869:
Single-particle reconstruction of conformation IX of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5870:
Single-particle reconstruction of conformation X of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5871:
Single-particle reconstruction of conformation XI of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5872:
Single-particle reconstruction of conformation XII of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5873:
Single-particle reconstruction of conformation XIII of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5874:
Single-particle reconstruction of conformation XIV of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5875:
Single-particle reconstruction of conformation XV of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5876:
Single-particle reconstruction of conformation XVI of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5877:
Single-particle reconstruction of conformation XVII of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5878:
Single-particle reconstruction of conformation XVIII of ligand-free sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5879:
Single-particle reconstruction of conformation I of NO-bound sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5880:
Single-particle reconstruction of conformation II of NO-bound sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5881:
Single-particle reconstruction of conformation I of GPCPP-bound sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5882:
Single-particle reconstruction of conformation II of GPCPP-bound sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5883:
Single-particle reconstruction of conformation I of GPCPP-bound and NO-bound sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5884:
Single-particle reconstruction of conformation II of GPCPP-bound and NO-bound sGC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

由来
  • Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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