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Structure paper

タイトルEasymode: general pretrained networks for cellular cryo-ET enable flexible approaches to subtomogram averaging
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2026年5月18日 (構造データの登録日)
著者So-Last MGF / Hale T / Burt A / Allegretti MA
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手法EM (サブトモグラム平均)
解像度3.4 - 35.0 Å
構造データ

EMDB-58147: In situ subtomogram average of filamentous IMPDH in mycophenolic acid-treated HeLa cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-58163: Subtomogram average of gamma tubulin ring complex capping microtubule minus ends from purified S. uvarum spindle pole bodies
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.6 Å

EMDB-58166: Subtomogram average of the D. discoideum vault complex using D39 symmetry (from EMPIAR-11845)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.8 Å

EMDB-58167: Subtomogram average of C. reinhardtii ribosome (from EMPIAR-11830)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-58168: Subtomogram average of H. sapiens ribosome (from EMPIAR-11538)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-58184: Subtomogram average of D. discoideum nuclear pore complex (from EMPIAR-11943)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-58185: Subtomogram average of H. sapiens T-complex protein Ring Complex (TRiC) (from EMPIAR-11538)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-58187: Subtomogram average of human Hsp60-Hsp10 (from EMPIAR-13145)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-58189: Subtomogram average of H. sapiens 13-protofilament microtubule
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-58191: Subtomogram average of V. fischeri ribosome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-58194: Subtomogram average of D. discoideum ribosome (from EMPIAR-11899) using particles selected at least 43 nm away from lamella surface
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-58195: Subtomogram average of D. discoideum ribosome (from EMPIAR-11899) using particles selected within 43 nm of lamella surface
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.9 Å

EMDB-58196: Subtomogram average of S. cerevisiae ribosome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.4 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Saccharomyces uvarum (酵母)
  • Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
  • Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
  • Aliivibrio fischeri (バクテリア)
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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