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タイトルMX2 Mediates Collapse of the HIV-1 Capsid.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2026
掲載日2026年5月8日
著者Andrew Goodale / Szu-Wei Huang / Nathalia Almeida / Dave J Williamson / Nikoloz Shkriabai / Gilberto Betancor / Luis Apolonia / Frank DiMaio / Sergi Padilla-Parra / Mamuka Kvaratskhelia / Julien R C Bergeron / Michael H Malim /
PubMed 要旨The HIV-1 capsid core encapsulates the viral genome and mediates its delivery into the host cell's nucleus. It is composed of multiple copies of the Capsid (CA, p24) protein, assembled into hexamers ...The HIV-1 capsid core encapsulates the viral genome and mediates its delivery into the host cell's nucleus. It is composed of multiple copies of the Capsid (CA, p24) protein, assembled into hexamers and pentamers to create a lattice that forms a fullerene-like cone. Myxovirus resistance 2 (MX2) is an HIV-1 restriction factor that binds to the capsid core and blocks nuclear import of the viral genome. Here, we define a minimal region of MX2 required for HIV-1 restriction and produce a corresponding functional recombinant protein. We have used cryo-electron microscopy to determine the structure of this MX2 fragment bound to the tri-hexamer interface of the capsid lattice, revealing a large, buried interface combining electrostatic and hydrophobic interactions. This structure, together with assays that measure capsid core destabilisation, shows that MX2 binding induces conformational rearrangements in the capsid lattice that culminate in a loss of integrity. These results support a model whereby MX2 exerts its antiviral activity by disrupting the capsid lattice, inducing premature fragmentation and preventing HIV-1 nuclear import. By revealing the structural basis for MX2-mediated restriction, this work also provides the framework for the development of anti-HIV molecules that mimic MX2 restriction.
リンクbioRxiv / PubMed:42146390 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.47 - 4.64 Å
構造データ

57888

30od

EMDB-57888, PDB-30od:
HIV-1 CA hexamer (MX2 bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

57889

30oe

EMDB-57889, PDB-30oe:
Unbound HIV-1 CA hexamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

57890

30of

EMDB-57890, PDB-30of:
HIV-1 capsid tri-hexamer bound to MX2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.64 Å

57891

30og

EMDB-57891, PDB-30og:
HIV-1 CA tri-hexamer interface
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

由来
  • hiv-1 group m (ヒト免疫不全ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 CA / ANTIMICROBIAL PROTEIN / HIV-1 / Capsid / MX2 / ANTIVIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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