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Structure paper

タイトルThe molecular basis of tricalbin-mediated membrane contact site organization in cells.
ジャーナル・号・ページJ Cell Sci, Vol. 139, Issue 9, Year 2026
掲載日2026年5月1日
著者Lazar Ivanović / Anne-Laure Boinet / Andrea Picco / Eliane Zinn / Daniela Ross-Kaschitza / Marko Kaksonen / Wanda Kukulski /
PubMed 要旨Membrane contact sites facilitate molecular exchanges through physical interactions between organelles, connected by specific protein tethers. Among these tethers are the tricalbins, which mediate ...Membrane contact sites facilitate molecular exchanges through physical interactions between organelles, connected by specific protein tethers. Among these tethers are the tricalbins, which mediate contacts between endoplasmic reticulum (ER) and plasma membrane in yeast. Tricalbins are integral to the ER, have a cytosolic lipid-binding domain and bind the plasma membrane through C2 domains. Here, we combine fluorescence recovery after photobleaching with correlative light and 3D electron microscopy to dissect how tricalbins control their localization, dynamic distribution and contact site organization. We find that heteromerization via lipid-binding domains is a prerequisite for tricalbin accumulation at contact sites, membrane curvature sensing and restrained mobility in the ER. By altering tricalbin protein domains, we show that intermembrane distances and intrinsically disordered regions interdependently control distribution and dynamics of contact site tethers. Our study reveals principles of contact site architecture that are fine-tuned by tricalbin domain organization.
リンクJ Cell Sci / PubMed:41948883
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-57516: Electron tomogram of resin-embedded wild type yeast cells expressing Tcb3(1-490)-chimeraC-GFP
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57517: Electron tomogram of resin-embedded yeast cells expressing Tcb3(1-490)-chimeraC-GFP, deleted for tcb1/2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57518: Electron tomogram of resin-embedded yeast cells expressing Tcb3(1-490)-chimeraC-GFP, deleted for tcb1/2, scs2/22 and ist2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57519: Electron tomogram of resin-embedded yeast cells expressing Tcb3(1-272)-chimeraC-GFP, deleted for tcb1/2, scs2/22 and ist2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57520: Electron tomogram of resin-embedded yeast cells expressing Tcb3(1-272)-GFP-chimeraC, deleted for tcb1/2, scs2/22 and ist2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57521: Electron tomogram of resin-embedded yeast cells expressing Tcb3(191-490)-GFP-chimeraC, deleted for tcb1/2, scs2/22 and ist2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57522: Electron tomogram of resin-embedded yeast cells expressing Tcb3(191-272)-chimeraC-GFP, deleted for tcb1/2, scs2/22 and ist2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57523: Cryo-electron tomogram of yeast cells expressing Tcb3(191-490)-chimeraC-GFP, deleted for tcb1/2, scs2/22 and ist2.
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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