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タイトルVisualizing virus assembly intermediates inside marine cyanobacteria.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 502, Issue 7473, Page 707-710, Year 2013
掲載日2013年10月31日
著者Wei Dai / Caroline Fu / Desislava Raytcheva / John Flanagan / Htet A Khant / Xiangan Liu / Ryan H Rochat / Cameron Haase-Pettingell / Jacqueline Piret / Steve J Ludtke / Kuniaki Nagayama / Michael F Schmid / Jonathan A King / Wah Chiu /
PubMed 要旨Cyanobacteria are photosynthetic organisms responsible for ∼25% of organic carbon fixation on the Earth. These bacteria began to convert solar energy and carbon dioxide into bioenergy and oxygen ...Cyanobacteria are photosynthetic organisms responsible for ∼25% of organic carbon fixation on the Earth. These bacteria began to convert solar energy and carbon dioxide into bioenergy and oxygen more than two billion years ago. Cyanophages, which infect these bacteria, have an important role in regulating the marine ecosystem by controlling cyanobacteria community organization and mediating lateral gene transfer. Here we visualize the maturation process of cyanophage Syn5 inside its host cell, Synechococcus, using Zernike phase contrast electron cryo-tomography (cryoET). This imaging modality yields dramatic enhancement of image contrast over conventional cryoET and thus facilitates the direct identification of subcellular components, including thylakoid membranes, carboxysomes and polyribosomes, as well as phages, inside the congested cytosol of the infected cell. By correlating the structural features and relative abundance of viral progeny within cells at different stages of infection, we identify distinct Syn5 assembly intermediates. Our results indicate that the procapsid releases scaffolding proteins and expands its volume at an early stage of genome packaging. Later in the assembly process, we detected full particles with a tail either with or without an additional horn. The morphogenetic pathway we describe here is highly conserved and was probably established long before that of double-stranded DNA viruses infecting more complex organisms.
リンクNature / PubMed:24107993 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度47.0 - 74.0 Å
構造データ

EMDB-5742:
Zernike Phase Contrast electron cryo-tomography of cyanophage Syn5 assembly intermediates
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 68.0 Å

EMDB-5743:
Zernike Phase Contrast electron cryo-tomography of cyanophage Syn5 assembly intermediates
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 74.0 Å

EMDB-5744:
Zernike Phase Contrast electron cryo-tomography of cyanophage Syn5 assembly intermediates
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 57.0 Å

EMDB-5745:
Zernike Phase Contrast electron cryo-tomography of cyanophage Syn5 assembly intermediates
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-5746:
Zernike Phase Contrast electron cryo-tomography of cyanophage Syn5 assembly intermediates
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 52.0 Å

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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