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タイトルIn situ architecture of plasmodesmata in Physcomitrium patens resolved by cryo-electron tomography.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 12, Issue 5, Page 1051-1061, Year 2026
掲載日2026年5月14日
著者Marcel Dickmanns / Matthias Pöge / Peng Xu / Sven Gombos / Zoe K Barr / Manuel Miras / Jürgen M Plitzko / Rüdiger Simon / Waltraud X Schulze / Wolf B Frommer / Wolfgang Baumeister /
PubMed 要旨Plasmodesmata are nanoscopic channels that traverse plant cell walls, enabling direct intercellular exchange through membrane and cytosolic continuity. Although numerous plasmodesmal components have ...Plasmodesmata are nanoscopic channels that traverse plant cell walls, enabling direct intercellular exchange through membrane and cytosolic continuity. Although numerous plasmodesmal components have been identified, their molecular organization remains poorly defined. Here we used cryo-electron tomography to resolve the in situ architecture of plasmodesmata in Physcomitrium patens across tissues and physiological states. We show how callose-related cell wall remodelling shapes pore architecture to modulate permeability, including a previously undescribed fully sealed state, and resolve helical protein assemblies scaffolding the central, endoplasmic-reticulum-derived desmotubule. Candidate screening via proteomics and structure prediction indicates Multiple C2 Domain and Transmembrane Proteins (MCTPs) as key constituents of these assemblies. In this model, MCTPs tether the desmotubule to the plasma membrane, while their disordered linker regions with polyampholyte charge patterning may populate the cytosolic sleeve. These findings define core architectural features of plasmodesmata and provide a structural framework for understanding how membrane, protein and cell wall components coordinate intercellular connectivity in plants.
リンクNat Plants / PubMed:42135498 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-57163: Cryo-ET of a plasmodesma in wild type Physcomitrium patens gametophore leaflet tissue
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57164: Cryo-ET of a plasmodesma in wild type Physcomitrium patens protonema tissue
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57165: Cryo-ET of a plasmodesma in wild type Physcomitrium patens gametophore leaflet tissue
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57166: Cryo-ET of a plasmodesma in GHL17 Physcomitrium patens protonema tissue
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57167: Cryo-ET of a plasmodesma in GHL17 Physcomitrium patens protonema tissue
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57168: Cryo-ET of a plasmodesma in wild type Physcomitrium patens protonema tissue treated with abscisic acid
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-57169: Cryo-ET of a plasmodesma in wild type Physcomitrium patens protonema tissue treated with abscisic acid
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Physcomitrium patens (植物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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