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タイトルEasyGrid: a versatile platform for automated cryo-EM sample preparation and quality control.
ジャーナル・号・ページNat Methods, Vol. 23, Issue 7, Page 1359-1367, Year 2026
掲載日2026年6月23日
著者Olivier Gemin / Victor Armijo / Léa Lecomte / Michael Hons / Thibault Deckers / Caroline Bissardon / Christopher Rossi / Kévin Lauzier / Robert Janocha / Franck Felisaz / Jérémy Sinoir / Romain Linares / Anastasiia Babenko / Kirill Kovalev / Irina Prokhorova / Iskander Khusainov / Claudia Schreiner / Olga Kolesnikova / Veijo T Salo / Sarah Schneider / Matthew W Bowler / Georg Wolff / Wojciech P Galej / Julia Mahamid / Christoph W Müller / Kristina Djinovic Carugo / Sebastian Eustermann / Simone Mattei / Florent Cipriani / Gergely Papp /
PubMed 要旨Optimized sample preparation is essential for imaging biological macromolecules in their native state using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) or in situ cryo-electron tomography ...Optimized sample preparation is essential for imaging biological macromolecules in their native state using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) or in situ cryo-electron tomography (cryo-ET). Here we present EasyGrid, a modular, automated platform designed to streamline and standardize cryo-EM/ET sample preparation. EasyGrid integrates in-line plasma treatment of the sample support, microfluidic dispensing, blot-less sample spreading, jet-based vitrification and grid quality control via light interferometry. We demonstrate its effectiveness by preparing grids for multiple purified macromolecular complexes and resolving their structures with cryo-EM. Additionally, EasyGrid achieves improved vitrification of large mammalian cells compared to conventional plunge-freezing. By enabling systematic and high-throughput optimization, EasyGrid provides a robust and time-saving solution for both structural and cellular cryo-EM applications.
リンクNat Methods / PubMed:42337080 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度1.94 - 6.8 Å
構造データ

19434

8rq5

EMDB-19434, PDB-8rq5:
Cryo-EM structure of the light-driven sodium-pumping rhodopsin KR2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.32 Å

EMDB-19880: Cryo-EM structure of human apoferritin (grid prepared with EasyGrid technology)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.94 Å

EMDB-56607: CryoEM structure of guanidinase from Nitrospira inopinata
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-56821: C.t. INO80 chromatin remodeler bound to nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.93 Å

EMDB-56855: Cryo-EM structure of yeast ribosome solved with EasyGrid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.43 Å

EMDB-56861: In situ ribosome from HeLa cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.8 Å

化合物

ChemComp-OLC:
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

ChemComp-LFA:
EICOSANE

ChemComp-RET:
RETINAL

ChemComp-NA:
Unknown entry

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • dokdonia eikasta (バクテリア)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Candidatus Nitrospira inopinata (バクテリア)
  • Thermochaetoides thermophila (菌類)
  • Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / retinal / ion transport / sodium / rhodopsin / photocycle / pentamer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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