[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルThermophilic bacteria employ a contractile injection system in hot spring microbial mats.
ジャーナル・号・ページISME J, Year 2026
掲載日2026年2月10日
著者Vasil A Gaisin / Corina Hadjicharalambous / Izabela Mujakić / Cristian Villena-Alemany / Jiangning Li / Michal Koblížek / Martin Pilhofer /
PubMed 要旨Bacterial contractile injection systems (CISs) are multiprotein complexes that facilitate the bacterial response to environmental factors or interactions with other organisms. Multiple novel CISs ...Bacterial contractile injection systems (CISs) are multiprotein complexes that facilitate the bacterial response to environmental factors or interactions with other organisms. Multiple novel CISs have been characterised in laboratory bacterial cultures recently; however, studying CISs in the context of the native microbial community remains challenging. Here, we present an approach to characterise a bioinformatically predicted CIS by directly analysing bacterial cells from their natural environment. Using cryo-focused ion beam milling and cryo-electron tomography (cryoET) imaging, guided by 16S rRNA gene amplicon sequencing, we discovered that thermophilic Chloroflexota bacteria produce intracellular CIS particles in a natural hot spring microbial mat. We then found a niche-specific production of CIS in the structured microbial community using an approach combining metagenomics, proteomics, and immunogold staining. Bioinformatic analysis and imaging revealed CISs in other extremophilic Chloroflexota and Deinococcota. This Chloroflexota/Deinococcota CIS lineage shows phylogenetic and structural similarity to previously described cytoplasmic CIS from Streptomyces and probably shares the same cytoplasmic mode of action. Our integrated environmental cryoET approach is suitable for discovering and characterising novel macromolecular complexes in environmental samples.
リンクISME J / PubMed:41665259
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-55835: Lysed Roseiflexus cells from microbial mat with contracted contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55839: Roseiflexus cells from microbial mat with contracted contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55841: Roseiflexus cells from microbial mat with contracted contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55842: Roseiflexus cell from microbial mat with contracted contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55846: Roseiflexus cell from microbial mat with contracted contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55848: Roseiflexus cell from microbial mat with contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55851: Roseiflexus cells from microbial mat with contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55852: Roseiflexus cells from microbial mat with contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55853: Roseiflexus cell from microbial mat with contracted contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55854: Calidithermus chliarophilus cells with contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55855: Deinococcus aquatilis cells with contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55861: Roseiflexus castenholzii cells with contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55862: Roseiflexus castenholzii cells with contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55870: Roseiflexus cells from microbial mat with contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55871: Roseiflexus cells from microbial mat with contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55872: Roseiflexus cells from microbial mat with contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-55873: Roseiflexus cells from microbial mat with contractile injection systems.
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Roseiflexus (バクテリア)
  • Calidithermus chliarophilus DSM 9957 (バクテリア)
  • Deinococcus aquatilis (バクテリア)
  • Roseiflexus castenholzii DSM 13941 (バクテリア)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る