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Structure paper

タイトル chromatin dynamics and HIV-1 nuclear trafficking.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2025
掲載日2025年12月15日
著者Zhen Hou / Yao Shen / Long Chen / Juan Shen / David I Stuart / Peijun Zhang /
PubMed 要旨The organization and dynamics of chromatin within intact nuclei remain poorly defined, limiting understanding of how nuclear architecture influences macromolecular transport. HIV-1 provides a ...The organization and dynamics of chromatin within intact nuclei remain poorly defined, limiting understanding of how nuclear architecture influences macromolecular transport. HIV-1 provides a striking example of a large complex that must traverse this dynamic landscape to access integration sites within transcriptionally active regions. Here, we combine a functional nuclear import system with correlative cryo-electron tomography to visualize chromatin architecture and HIV-1 cores during nuclear penetration. Native nucleosomes resolved at 5.6 Å reveal four structural classes, from compact conformations at the nuclear periphery to open, flexible forms in the interior, defining a spatially heterogeneous and dynamic chromatin landscape. Within this environment, HIV-1 cores decorated with nuclear factors exclude nearby nucleosomes and preferentially associate with open chromatin. Disruption of CPSF6-capsid interactions abolishes these associations, confining viral cores to peripheral chromatin. These findings establish an framework linking chromatin structure and dynamics to HIV-1 nuclear trafficking and provide a structural basis for viral navigation within the dynamic nuclear landscape.
リンクbioRxiv / PubMed:41446222 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度5.6 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-55441: In situ structure of wild-type HIV-1 CA hexamer prior to nuclear import
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.1 Å

EMDB-55443: In situ structure of wild-type HIV-1 CA hexamer post nuclear import
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.6 Å

EMDB-55445: In situ structure of N74D HIV-1 CA hexamer post nuclear import
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.8 Å

EMDB-55446: In situ structure of the H1-bound nucleosome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-55447: In situ structure of stacking H1-bound nucleosomes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-55448: In situ structure of the H1-bound nucleosome in stacking nucleosomes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-55449: In situ structure of the core nucleosome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.3 Å

EMDB-55450: In situ structure of the open-linker H1-bound nucleosome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.1 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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