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Structure paper

タイトルStructural basis of apoptosis induction by the mitochondrial voltage-dependent anion channel.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 9481, Year 2025
掲載日2025年10月27日
著者Melina Daniilidis / Umut Günsel / Georgios Broutzakis / Kira D Leitl / Robert Janowski / Kai Fredriksson / Dierk Niessing / Christos Gatsogiannis / Franz Hagn /
PubMed 要旨The voltage-dependent anion channel (VDAC) is the main gateway for metabolites across the mitochondrial outer membrane. VDAC oligomers are connected to apoptosis induced by various stimuli. However, ...The voltage-dependent anion channel (VDAC) is the main gateway for metabolites across the mitochondrial outer membrane. VDAC oligomers are connected to apoptosis induced by various stimuli. However, the mechanistic and structural basis of apoptosis induction by VDAC remains poorly understood. Here, using cryo-EM and NMR we show that VDAC1 oligomerization or confinement in small lipid nanodiscs triggers the exposure of its N-terminal α-helix (VDAC1-N) which becomes available for partner protein binding. NMR and X-ray crystallography data show that VDAC1-N forms a complex with the BH3 binding groove of the anti-apoptotic Bcl2 protein BclxL. Biochemical assays demonstrate that VDAC1-N exhibits a pro-apoptotic function by promoting pore formation of the executor Bcl2 protein Bak via neutralization of BclxL. This mechanism is reminiscent of BH3-only sensitizer Bcl2 proteins that are efficient inducers of Bax/Bak-mediated mitochondrial outer membrane permeabilization and ultimately apoptosis. The VDAC pathway most likely responds to mitochondrial stress or damage.
リンクNat Commun / PubMed:41145501 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.95 - 7.21 Å
構造データ

EMDB-55061: VDAC1 in cMSP1D1 nanodiscs, monomeric.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.21 Å

EMDB-55062: VDAC1 in cMSP1D1 nanodiscs, dimeric.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.99 Å

EMDB-55094: VDAC1 in cMSP1delH5 nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.73 Å

PDB-9hps:
Human BclxLdeltaLT-VDAC1-N fusion protein complex structure
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードAPOPTOSIS / B-cell lymphoma-extra large / BCL-XL / anti-apoptotic / VDAC1 / voltage-dependent anion channel protein / complex / fusion

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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