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タイトルUncovering the structural impact of KatG Ser315 mutations in Mycobacterium tuberculosis via cryo-EM.
ジャーナル・号・ページProtein Sci, Vol. 35, Issue 1, Page e70409, Year 2026
掲載日2025年12月23日
著者Thomas Allport / Amanda K Chaplin /
PubMed 要旨Mycobacterium tuberculosis (Mtb), the causative agent of tuberculosis (TB), is responsible for a global health burden affecting over a quarter of the world's population. The increasing prevalence of ...Mycobacterium tuberculosis (Mtb), the causative agent of tuberculosis (TB), is responsible for a global health burden affecting over a quarter of the world's population. The increasing prevalence of drug-resistant TB poses a significant threat to current treatment strategies. Isoniazid (INH) is a first-line prodrug used in TB therapy, which requires activation by the catalase-peroxidase enzyme KatG. Upon activation, INH inhibits InhA, thereby disrupting mycolic acid biosynthesis, a crucial process for maintaining Mtb's distinctive, lipid-rich cell wall. The most common naturally occurring resistance-associated mutation in KatG is S315T, though other variants at this position, such as S315G, S315N, S315I, and S315R, have also been reported. In this study, we employ cryo-electron microscopy (cryo-EM) to investigate the structural basis of INH resistance conferred by these KatG variants. We present high-resolution cryo-EM structures that reveal heterogeneity in heme loading among the mutants. Detailed structural analysis highlights alterations in the hydrogen-bonding network and substrate access channel unique to each variant, offering direct comparisons with the wild-type (WT) KatG protein. Our findings provide a molecular explanation for clinical INH resistance and lay the groundwork for the rational design of next-generation anti-TB therapeutics.
リンクProtein Sci / PubMed:41432360 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.27 - 3.0 Å
構造データ

EMDB-54872, PDB-9sgl:
S315T KatG mutant two Heme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.27 Å

EMDB-54873, PDB-9sgm:
S315I KatG mutant two Heme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-54874, PDB-9sgn:
S315I KatG mutant no Heme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-54875, PDB-9sgo:
S315N KatG mutant one Heme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.74 Å

EMDB-54876, PDB-9sgp:
S315R KatG mutant two Heme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

EMDB-54877, PDB-9sgq:
S315R KatG mutant one Heme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-54878, PDB-9sgr:
S315N KatG mutant no heme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-54879, PDB-9sgs:
S315G KatG mutant no Heme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

EMDB-54880, PDB-9sgt:
S315G KatG mutant one Heme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

EMDB-54882, PDB-9sgy:
S315I KatG mutant one heme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.34 Å

化合物

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Catalase / Peoxidase / Enzyme / Heme

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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