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タイトルUltrathin liquid cells for microsecond time-resolved cryo-EM.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Page 1799, Year 2026
掲載日2026年1月22日
著者Wyatt A Curtis / Jakub Wenz / Constantin R Krüger / Sarah V Barrass / Marcel Drabbels / Ulrich J Lorenz /
PubMed 要旨Microsecond time-resolved cryo-electron microscopy promises to significantly advance our understanding of protein function by rendering cryo-electron microscopy (cryo-EM) fast enough to observe ...Microsecond time-resolved cryo-electron microscopy promises to significantly advance our understanding of protein function by rendering cryo-electron microscopy (cryo-EM) fast enough to observe proteins at work. This emerging technique involves flash melting a cryo sample with a laser beam to provide a brief time window during which dynamics are initiated. When the laser is switched off, the sample revitrifies, arresting the proteins in their transient configurations. However, observations have so far been limited to tens of microseconds only, due to the instability of the thin liquid film under laser irradiation. Here, we seal samples between two ultrathin, vapor-deposited silicon dioxide membranes to extend the observation window by an order of magnitude. These membranes not only allow for reconstructions with near-atomic spatial resolution, but can also be used to eliminate preferred particle orientation. We showcase our technology by performing a time-resolved temperature jump experiment on the 50S ribosomal subunit that provides new insights into the conformational landscape of the L1 stalk. Our experiments significantly expand the capabilities of microsecond time-resolved cryo-EM and promise to bridge the gap to the millisecond timescale, which can already be addressed with traditional approaches.
リンクNat Commun / PubMed:41571671 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.7 - 2.7 Å
構造データ

EMDB-54058: 1.7 A structure of conventional mouse heavy chain Apoferritin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.7 Å

EMDB-54082: 1.8 A structure of SiO2-sealed and revitrified (210 us) mouse heavy chain Apoferritin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.8 Å

EMDB-54136: 2.5 A structure of the E.coli 50S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-54137: 2.4 A structure of the SiO2-sealed and revitrified (30 us) E.coli 50S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-54138: 2.3 A structure of the SiO2-sealed and revitrified (150 us) E.coli 50S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-54168: 2.7 A structure of the SiO2-sealed and revitrified (300 us) E.coli 50S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

由来
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
  • Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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