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タイトルStructure of the complete 14-subunit botulinum neurotoxin B complex reveals a unique anchoring through the narrow central pore of HA70.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 35, Page eadx5058, Year 2025
掲載日2025年8月29日
著者Ajda Krč / Sara Persson Košenina / Maria B Nowakowska / Geoffrey Masuyer / Pål Stenmark /
PubMed 要旨Botulinum neurotoxin serotype B1 (BoNT/B) is a highly potent neurotoxin and therapeutic agent. Here, we present the structure of the complete 14-subunit (780 kDa) progenitor toxin complex (L-PTC) and ...Botulinum neurotoxin serotype B1 (BoNT/B) is a highly potent neurotoxin and therapeutic agent. Here, we present the structure of the complete 14-subunit (780 kDa) progenitor toxin complex (L-PTC) and of five subcomplexes. The structures show how the toxin interacts with its associated components in their role to protect and deliver BoNT/B across epithelial barriers. Each subcomplex, including the M-PTC, M-PTC-HA70, NTNH-HA70, and HA70 trimer, provides detailed understanding of the assembly mechanism, in which the NTNH-nLoop adopts a unique fold that locks the M-PTC into a central pore formed by HA70. The HA subcomplex presents a tripod architecture with flexible legs that may adapt to the rugged cell surface. Mass photometry reveals the pH dependence of BoNT/B release from the complex which is unexpectedly influenced by the presence of HA70. This study provides the complete L-PTC structure, offering insights into its assemblage and supporting the development of countermeasures and therapeutic applications.
リンクSci Adv / PubMed:40864696 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.49 - 3.67 Å
構造データ

EMDB-52460: M-PTC-HA70 complex from Botulinum neurotoxin Serotype B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-52461: M-PTC-HA70 complex from Botulinum neurotoxin Serotype B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-52476: M-PTC-HA70 complex from Botulinum neurotoxin Serotype B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-52666: M-PTC-HA70 complex from Botulinum neurotoxin Serotype B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-52672: NTNH-HA70 complex from Botulinum neurotoxin Serotype B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

EMDB-52681: NTNH-HA70 complex from Botulinum neurotoxin B1, focused map of HA70 trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

EMDB-52686: NTNH-HA70 complex from Botulinum neurotoxin serotype B1, focused map of NTNH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

EMDB-52732: HA70-HA17-HA33 complex from Botulinum neurotoxin serotype B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-52734: HA70-HA17-HA33 complex from Botulinum neurotoxin serotype B1, focused map of HA70 trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-52735: HA70-HA17-HA33complex from Botulinum neurotoxin serotype B1, focused map of HA17-HA33 subcomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-52739: L-PTC from Clostridium botulinum serotype B1, focused map of HA17-HA33 subcomplex (leg 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

EMDB-52740: L-PTC from Clostridium botulinum serotype B1, focused map of HA17-HA33 subcomplex (leg 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-52741: L-PTC from Clostridium botulinum serotype B1, focused map of HA17-HA33 subcomplex (leg 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

EMDB-52742: L-PTC from Clostridium botulinum serotype B1, focused map of HA70 subcomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-52743: L-PTC from Clostridium botulinum serotype B1, focused map of BoNT-NTNH subcomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

EMDB-52763: Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

53005

9qc7

EMDB-53005, PDB-9qc7:
BoNT-NTNH complex from Clostridium botulinum Serotype B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

53006

9qc8

EMDB-53006, PDB-9qc8:
BoNT-NTNH-HA70 complex from Clostridium botulinum Serotype B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

53010

9qce

EMDB-53010, PDB-9qce:
HA70-HA17-HA33 complex from Clostridium botulinum Serotype B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

53015

9qcm

EMDB-53015, PDB-9qcm:
Botulinum neurotoxin type B1, 14-subunit, Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

53016

9qcn

EMDB-53016, PDB-9qcn:
HA70 complex from Clostridium botulinum Serotype B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

53017

9qco

EMDB-53017, PDB-9qco:
NTNH-HA70 complex from Clostridium botulinum Serotype B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

由来
  • clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
キーワードTOXIN / progenitor-toxin complex / botulinum neurotoxin / hemagglutinin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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