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Structure paper

タイトルStructural and mechanistic insights into the constitutive Themis-Grb2 complex in T cell signalling.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年5月20日
著者Danielle M Clancy / Alba Sanz-Sanjuan / Elisabeth Gilis / Peter Tougaard / Imke Velghe / Yana Van Droogenbroeck / Jan Felix / Yehudi Bloch / Álvaro Furones Cuadrado / Romain Merceron / Stephan Schenck / Peter Vandenabeele / Janine D Brunner / Tom Taghon / Dirk Elewaut / Savvas N Savvides /
PubMed 要旨Thymocyte selection is essential for establishing the T cell repertoire, maintaining self-tolerance and preventing autoimmunity. Themis, the archetypal member of a metazoan protein family defined by ...Thymocyte selection is essential for establishing the T cell repertoire, maintaining self-tolerance and preventing autoimmunity. Themis, the archetypal member of a metazoan protein family defined by CABIT domains, centrally regulates this process by integrating T cell receptor (TCR) signalling. Themis has been proposed to constitutively partner with the multifunctional adaptor Grb2, yet the structural and mechanistic basis of this assembly has remained enigmatic. Here, we use Cryo-EM to reveal how the tandem CABIT domains and proline-rich sequence of Themis cooperatively engulf the C-terminal SH3 domain of Grb2, while the unbound domains of Grb2 remain poised to recruit additional binding partners. Furthermore, we uncover inherent interdomain flexibility in unbound Themis that resolves upon Grb2 binding. Structure-guided mutations abrogate the Themis-Grb2 interaction and fail to regulate the tyrosine phosphatase SHP-1 after TCR stimulation, recapitulating the phenotype of Themis-deficient cells. Our findings define the Themis-Grb2 complex as a dynamic structural hub in T cell signalling.
リンクNat Commun / PubMed:42161968 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 7.0 Å
構造データ

52603

9i3p

EMDB-52603, PDB-9i3p:
CryoEM structure of the Themis:Grb2 complex with bound ProMacrobody 256
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-52604: 3D reconstruction of Themis:Grb2:ProMacrobody256 after 3D classification (Class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-52605: 3D reconstruction of Themis:Grb2:ProMacrobody256 after 3D classification (Class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-52606: 3D reconstruction of Themis:Grb2:ProMacrobody256 after 3D classification (Class 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-52607: 3D reconstruction of Themis:Grb2:ProMacrobody256 after 3D classification (Class 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-52608: CryoEM map of Themis bound to ProMacrobody 256
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-52609: 3D reconstruction of Themis:ProMacrobody256 after 3D classification (Class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-52610: 3D reconstruction of Themis:ProMacrobody256 after 3D classification (Class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

52787

9iaz

EMDB-52787, PDB-9iaz:
CryoEM structure of the Themis:Grb2 complex with bound ProMacrobody 256, local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードSIGNALING PROTEIN / adapter protein / CABIT / TCR / T cell development

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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