[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural basis for HIV-1 capsid adaption to a deficiency in IP6 packaging.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 8152, Year 2025
掲載日2025年9月1日
著者Yanan Zhu / Alex B Kleinpeter / Juan S Rey / Juan Shen / Yao Shen / Jialu Xu / Nathan Hardenbrook / Long Chen / Anka Lucic / Juan R Perilla / Eric O Freed / Peijun Zhang /
PubMed 要旨Inositol hexakisphosphate (IP6) promotes HIV-1 assembly by stabilizing the immature Gag lattice and becomes enriched within virions, where it is required for mature capsid assembly. Previously, we ...Inositol hexakisphosphate (IP6) promotes HIV-1 assembly by stabilizing the immature Gag lattice and becomes enriched within virions, where it is required for mature capsid assembly. Previously, we identified Gag mutants that package little IP6 yet assemble particles, though they are non-infectious due to defective capsid formation. Here, we report a compensatory mutation, G225R, in the C-terminus of capsid protein (CA) that restores capsid assembly and infectivity in these IP6-deficient mutants. G225R also enhances in vitro assembly of CA into capsid-like particles at far lower IP6 concentrations than required for wild-type CA. CryoEM structures of G225R CA hexamers and lattices at 2.7 Å resolution reveal that the otherwise disordered C-terminus becomes structured, stabilizing hexamer-hexamer interfaces. Molecular dynamics simulations support this mechanism. These findings uncover how HIV-1 can adapt to IP6 deficiency and highlight a previously unrecognized structural role of the CA C-terminus, while offering tools for capsid-related studies.
リンクNat Commun / PubMed:40890096 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度2.75 - 4.24 Å
構造データ

EMDB-51821: The structure from subtomogram averaging of HIV immature Gag with G225R mutation
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.79 Å

EMDB-51822: The structure from subtomogram averaging of HIV-1 immature Gag with KAKA/G225R mutations
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-51823: The structure from subtomogram averaging of HIV-1 immature Gag with KAKA/T8I/G225R mutations
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.05 Å

EMDB-51824: The structure from subtomogram averaging of HIV-1 immature Gag with A77V/KAKA/T8I/G225R mutations
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.78 Å

EMDB-51825: The structure from subtomogram averaging of HIV-1 immature Gag with KAKA/T8I mutations
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.67 Å

EMDB-51826: The structure from subtomogram averaging of HIV-1 Gag with K227A mutation
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.82 Å

52724

9i8i

EMDB-52724, PDB-9i8i:
cryoEM structure of HIV-1 KAKA/G225R mature CA hexamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-52725: cryoEM structure of HIV-1 KAKA/G225R mature CA tri-hexamer in Class1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

EMDB-52726: cryoEM structure of HIV-1 KAKA/G225R mature CA tri-hexamer in Class2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.24 Å

由来
  • hiv-1 06tg.ht008 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • uncultured virus (環境試料)
キーワードVIRUS / HIV-1 / KAKA/G225R

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る