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タイトルSegmented filamentous bacteria undergo a structural transition at their adhesive tip during unicellular to filament development.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Page 222, Year 2025
掲載日2025年12月17日
著者Ana Raquel Cruz / Benedikt H Wimmer / Teck Hui Teo / Gérard Pehau-Arnaudet / Jean-Marie Winter / Anastasia D Gazi / Pierre Lafaye / Sébastien Brier / Agnès Legrand / Anna Dubrovsky-Gaupp / Marion Bérard / Gabriel Aymé / Anna Sartori-Rupp / Ohad Medalia / Pamela Schnupf /
PubMed 要旨Segmented filamentous bacteria (SFB) are intestinal commensals that promote immune system development and pathogen protection through intimate attachment to the ileal epithelium. Attachment occurs ...Segmented filamentous bacteria (SFB) are intestinal commensals that promote immune system development and pathogen protection through intimate attachment to the ileal epithelium. Attachment occurs via the tip of unicellular teardrop-shaped SFB, called intracellular offsprings (IOs), before outgrowth into filaments. To characterize this critical stage of the SFB life cycle, we imaged SFB using cryo-electron microscopy and tomography. IOs were surrounded by a repetitive surface (S)-layer that became replaced by disordered hair-like structures specifically at the IO tip. During outgrowth into filaments, the S-layer was exchanged for a morphologically distinct repetitive hair-like layer. The bacterial structures and morphological transition were conserved across SFB from mouse and rat origin, while growth of mouse-SFB under non-attachment conditions in a heterologous host affected the SFB tip length and relative proportion of the tip stages. Moreover, a major Th17 and B cell antigen, while being a ubiquitous cell wall-associated protein, was immunologically accessible only at the filament tip, underscoring the unique properties of the tip structure. This study identifies an IO-specific S-layer and reveals a conserved developmental transition of the SFB tip surface including the transient appearance of structures consistent in location and timing with being involved in host cell attachment.
リンクNat Commun / PubMed:41407704 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-52655: Cryo-electron tomogram of the S-layer coated tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring containing flagella and intracellular vesicles) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52667: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring containing a chemosensory array) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52668: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring containing intracellular filaments) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52669: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring containing intracellular plate-like structures) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52670: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring containing intracellular vesicles) grown in mice and of undecorated extracellular vesicle
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52671: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring) grown in mice and of decorated extracellular vesicle
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52673: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring containing intracellular plate-like structures and a chemosensory array) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52674: Cryo-electron tomogram of the cell body of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring containing intracellular filaments) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52675: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring) grown in mice and of undecorated extracellular vesicles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52676: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (stage 3 intracellular offspring) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52677: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (stage 4 filament) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52678: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (stage 5 filament) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52679: Cryo-electron tomogram of the hair-like layer coated distal end of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52680: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (stage 3 intracellular offspring) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52682: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (stage 5 intracellular offspring) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52683: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (transitional stage 4 intracellular offspring) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52684: Cryo-electron tomogram of the S-layer coated tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (intracellular offspring containing intracellular vesicles) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52685: Cryo-electron tomogram of the S-layer coated tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (stage 1 intracellular offspring) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52687: Cryo-electron tomogram of the S-layer coated tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring containing flagella) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52688: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (stage 3 intracellular offspring) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52689: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (intracellular offspring containing flagella and intracellular filaments) grown in rats and of decorated extracellular vesicles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52690: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (unidentified stage intracellular offspring) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52691: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (intracellular offspring containing intracellular plate-like structures) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52692: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (intracellular offspring containing flagella and a chemosensory array) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52693: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (intracellular offspring containing intracellular filaments and vesicles) grown in rats and of extracellular vesicles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52694: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (intracellular offspring containing intracellular plate-like structures) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52695: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (stage 1 intracellular offspring) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52696: Cryo-electron tomogram of the S-layer coated distal end of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52697: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (unidentified stage intracellular offspring) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52698: Cryo-electron tomogram of the S-layer coated distal end of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (intracellular offspring) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52699: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (stage 5 filament) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52700: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (stage 1 intracellular offspring) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52701: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (stage 2 intracellular offspring) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52702: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (stage 3 intracellular offspring) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52703: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (stage 5 intracellular offspring) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-52856: Cryo-electron tomogram of the distal end of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (unidentified stage intracellular offspring) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54603: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (transitional stage 3 intracellular offspring) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54605: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (intracellular offspring containing short and long tracks) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54607: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (stage 5 filament) grown in rats
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54608: Cryo-electron tomogram of the tip of Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (stage 4 filament) grown in mice
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL (バクテリア)
  • Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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