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Structure paper

タイトルMolecular basis of pyruvate transport and inhibition of the human mitochondrial pyruvate carrier.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 16, Page eadw1489, Year 2025
掲載日2025年4月18日
著者Maximilian Sichrovsky / Denis Lacabanne / Jonathan J Ruprecht / Jessica J Rana / Klaudia Stanik / Mariangela Dionysopoulou / Alice P Sowton / Martin S King / Scott A Jones / Lee Cooper / Steven W Hardwick / Giulia Paris / Dimitri Y Chirgadze / Shujing Ding / Ian M Fearnley / Shane M Palmer / Els Pardon / Jan Steyaert / Vanessa Leone / Lucy R Forrest / Sotiria Tavoulari / Edmund R S Kunji /
PubMed 要旨The mitochondrial pyruvate carrier transports pyruvate, produced by glycolysis from sugar molecules, into the mitochondrial matrix, as a crucial transport step in eukaryotic energy metabolism. The ...The mitochondrial pyruvate carrier transports pyruvate, produced by glycolysis from sugar molecules, into the mitochondrial matrix, as a crucial transport step in eukaryotic energy metabolism. The carrier is a drug target for the treatment of cancers, diabetes mellitus, neurodegeneration, and metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease. We have solved the structure of the human MPC1L/MPC2 heterodimer in the inward- and outward-open states by cryo-electron microscopy, revealing its alternating access rocker-switch mechanism. The carrier has a central binding site for pyruvate, which contains an essential lysine and histidine residue, important for its ΔpH-dependent transport mechanism. We have also determined the binding poses of three chemically distinct inhibitor classes, which exploit the same binding site in the outward-open state by mimicking pyruvate interactions and by using aromatic stacking interactions.
リンクSci Adv / PubMed:40249800 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.65 - 3.92 Å
構造データ

51378

9giv

EMDB-51378, PDB-9giv:
Structure of the human mitochondrial pyruvate carrier inhibited by a UK5099-derivative
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.65 Å

51379

9giw

EMDB-51379, PDB-9giw:
Structure of the human mitochondrial pyruvate carrier inhibited by zaprinast
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.92 Å

51380

9gix

EMDB-51380, PDB-9gix:
Structure of the human mitochondrial pyruvate carrier in the apo-state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.65 Å

51381

9giy

EMDB-51381, PDB-9giy:
Structure of the human mitochondrial pyruvate carrier inhibited by mitoglitazone
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.79 Å

化合物

PDB-1il4:
STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 9-DEAZAGUANINE

PDB-1il3:
STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 7-DEAZAGUANINE

ChemComp-LO7:
Mitoglitazone


PDB 未公開エントリ

PDB-1imz: Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter SLC54 pyruvate UK5099-derivative

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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