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タイトルArchaeal type six secretion system mediates contact-dependent antagonism.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 46, Page eadp7088, Year 2024
掲載日2024年11月15日
著者Tobias Zachs / Jessie James L Malit / Jingwei Xu / Alexandra Schürch / Shamphavi Sivabalasarma / Phillip Nußbaum / Sonja-Verena Albers / Martin Pilhofer /
PubMed 要旨Microbial communities are shaped by cell-cell interactions. Although archaea are often found in associations with other microorganisms, the mechanisms structuring these communities are poorly ...Microbial communities are shaped by cell-cell interactions. Although archaea are often found in associations with other microorganisms, the mechanisms structuring these communities are poorly understood. Here, we report on the structure and function of haloarchaeal contractile injection systems (CISs). Using a combination of functional assays and time-lapse imaging, we show that exhibits antagonism toward by inducing cell lysis and inhibiting proliferation. This antagonism is contact-dependent and requires a functional CIS, which is encoded by a gene cluster that is associated with toxin-immunity pairs. Cryo-focused ion beam milling and imaging by cryo-electron tomography revealed that these CISs are bound to the cytoplasmic membrane, resembling the bacterial type six secretion systems (T6SSs). We show that related T6SS gene clusters are conserved and expressed in other haloarchaeal strains, which exhibit antagonistic behavior. Our data provide a mechanistic framework for understanding how archaea may shape microbial communities and affect the food webs they inhabit.
リンクSci Adv / PubMed:39546591 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度2.9 - 60.0 Å
構造データ

50089

9ezm

EMDB-50089, PDB-9ezm:
CryoEM structure of the contracted sheath in H. borinquense
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-51202: Cryo-electron tomogram of H. borinquense showing contracted T6SS complex
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-51203: Cryo-electron tomogram of H. borinquense showing extended T6SS complex
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-51204: Cryo-electron tomogram of H. elongans showing contracted T6SS complex
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-51205: Cryo-electron tomogram of H. elongans showing extended T6SS complex
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-51206: Sub-tomogram average of contracted sheath complex in H. borinquense with C6 symmetry.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 60.0 Å

EMDB-51207: Sub-tomogram average of extended sheath complex in H. borinquense with C6 symmetry
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 60.0 Å

EMDB-51208: Sub-tomogram average of extended baseplate complex in H. borinquense without imposing symmetry
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 60.0 Å

EMDB-51209: Sub-tomogram average of extended baseplate complex in H. borinquense with C6 symmetry
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 60.0 Å

由来
  • halogeometricum borinquense dsm 11551 (古細菌)
  • Haloferax elongans (古細菌)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / archaea / contractile injection system / sheath / cryoEM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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