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Structure paper

タイトルMinimal supercomplexes in alphaproteobacteria reveal conserved structural mechanisms for efficient respiration
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2024年6月4日 (構造データの登録日)
著者Yaikhomba M / Hirst J / Croll TI / Spikes TE
リンクPubMedで検索
手法EM (単粒子)
解像度4.03 - 6.99 Å
構造データ

50526

9fks

EMDB-50526, PDB-9fks:
Respiratory supercomplex CIII2-CIV2 from alphaproteobacterium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.31 Å

EMDB-50528: Respiratory supercomplex CI2-CIII2-CIV2 (megacomplex, C1 symmetry) from alphaproteobacterium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.91 Å

EMDB-51024: Respiratory supercomplex CIII2-CIV2 (C1 symmetry) from alphaproteobacterium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.73 Å

51125

9g83

EMDB-51125, PDB-9g83:
Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2-(cbb3)1 from alphaproteobacterium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.98 Å

EMDB-51143: Focussed map 'cbb3-Half-CIII2' from the alphaproteobacterial respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2-(cbb3)1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.99 Å

51161

9g9y

EMDB-51161, PDB-9g9y:
Respiratory supercomplex CI2-CIII2-CIV2 (megacomplex) from alphaproteobacterium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.91 Å

51162

9g9z

EMDB-51162, PDB-9g9z:
Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV1 (respirasome) from alphaproteobacterium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.03 Å

化合物

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

ChemComp-DU0:
2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-HEA:
HEME-A

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

ChemComp-T7X:
Phosphatidylinositol

由来
  • paracoccus denitrificans pd1222 (バクテリア)
キーワードELECTRON TRANSPORT / Supercomplex / multi-subunit membrane protein complex / electron transport chain / native purification / respiration

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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