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タイトルA VLP vaccine platform comprising the core protein of hepatitis B virus with N-terminal antigen capture.
ジャーナル・号・ページInt J Biol Macromol, Vol. 305, Issue Pt 2, Page 141152, Year 2025
掲載日2025年2月15日
著者Kaniz Fatema / Joseph S Snowden / Alexander Watson / Lee Sherry / Neil A Ranson / Nicola J Stonehouse / David J Rowlands /
PubMed 要旨Nanoparticle presentation systems offer the potential to develop new vaccines rapidly in response to emerging diseases, a public health need that has become increasingly evident in the wake of the ...Nanoparticle presentation systems offer the potential to develop new vaccines rapidly in response to emerging diseases, a public health need that has become increasingly evident in the wake of the COVID-19 pandemic. Previously, we reported a nanoparticle scaffold system termed VelcroVax. This was constructed by insertion of a high affinity SUMO binding protein (Affimer), able to recognise a SUMO peptide tag, into the major immunodominant region of VLPs assembled from a tandem (fused dimer) form of hepatitis B virus (HBV) core protein (HBc). Here we describe an alternative form, termed N-VelcroVax, a VLP vaccine platform assembled from a monomeric HBc protein (N-anti-SUMO Affimer HBc 190) with the Affimer inserted at the N-terminus. In contrast to the tandem form of VelcroVax, N-VelcroVax VLPs were expressed well in E. coli. The VLPs effectively bound SUMO-tagged Junín virus glycoprotein, gp1 as assessed by structural and serological analyses. Cryo-EM characterisation of N-VelcroVax complexed with a SUMO-Junín gp1 showed continuous density attributable to the fused Affimer, in addition to evidence of target antigen capture. Collectively, these data suggest that N-VelcroVax has potential as a versatile next generation vaccine scaffold.
リンクInt J Biol Macromol / PubMed:39961558 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.5 Å
構造データ

50832

9fwe

EMDB-50832, PDB-9fwe:
N-VelcroVax HBcAg with SUMO-Affimer inserted at N-terminus (T=3 VLP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

50833

9fwf

EMDB-50833, PDB-9fwf:
N-VelcroVax HBcAg with SUMO-Affimer inserted at N-terminus (T=4 VLP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-50834: N-VelcroVax HBcAg in complex with SUMO-gp1 (T=3 VLP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-50835: N-VelcroVax HBcAg in complex with SUMO-gp1 (T=4 VLP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / velcrovax / hepatitis b virus / hepatitis b core antigen / affimer / vaccine / recombinant / vlp / antigen display

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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