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タイトルAntigen persistence and TLR stimulation contribute to induction of a durable HIV-1-specific neutralizing antibody response.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 5162, Year 2025
掲載日2025年6月3日
著者Kenta Matsuda / Mitra Harrison / Eleanor Wettstein / Jessica Pederson / Alyssa A Pullano / Lyuba Bolkhovitinov / Breanna Kim / Isabel Steinberg / Trevor Griesman / Sarah Stuccio / Daniel Rogan / Andy Patamawenu / Tulley Shofner / Nathaniel E Wright / Jonathan D Webber / Freya Van't Veer / Rachel Roenicke / Emma Koory / Peyton M Roeder / Ellison Ober / Benjamin Leach / Yaroslav Tsybovsky / Tyler Stephens / Ivan Del Moral-Sanchez / Ilja Bontjer / Lori W McGinnes-Cullen / Eric Chu / Jason Liang / Jonathan L Torres / Ryan N Lin / Andy S Tran / Gabrielle Dziubla / Leonid Serebryannyy / Sandeep Narpala / Bob Lin / Mike Castro / Gabriel Ozorowski / Andrew B Ward / Rogier W Sanders / Peter D Kwong / Javier Guenaga / Richard Wyatt / Trudy Morrison / Mark Connors /
PubMed 要旨HIV-1 Env glycoprotein (Env) immunogenicity is limited in part by structural instability and extensive glycan shielding and is likely the greatest obstacle to an HIV-1 vaccine. Stabilized Env trimers ...HIV-1 Env glycoprotein (Env) immunogenicity is limited in part by structural instability and extensive glycan shielding and is likely the greatest obstacle to an HIV-1 vaccine. Stabilized Env trimers can elicit serum neutralizing antibodies, but the response is short-lived. Here we use Newcastle Disease Virus-like particle (NDV-VLP) platform to present stabilized versions of HIV-1 Env at high valency and in the context of varied conformational stability, adjuvants, dose, and antigen persistence. Influenza virus hemagglutinin, or SARS-CoV2 Spike-bearing VLPs rapidly induce neutralizing antibodies, in contrast, they were not induced by those bearing Env. A replicating adenovirus type 4 expressing Env rapidly induces autologous neutralizing antibodies. However, durable neutralizing antibodies are induced only when multiple features of a replicating virus infection are combined, with the largest impact from dose and escalating dose. In summary, we show here immunogenicity of HIV-1 Env could be improved by reproducing features of virus infection.
リンクNat Commun / PubMed:40461490 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度15.0 Å
構造データ

EMDB-49656: Rabbit RB142 polyclonal Fab in complex with HIV-1 1086C NFL Env trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

由来
  • Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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