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タイトルStructures of vertebrate R2 retrotransposon complexes during target-primed reverse transcription and after second-strand nicking.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 25, Page eadu5533, Year 2025
掲載日2025年6月20日
著者Akanksha Thawani / Anthony Rodríguez-Vargas / Briana Van Treeck / Nozhat T Hassan / David L Adelson / Eva Nogales / Kathleen Collins /
PubMed 要旨R2 retrotransposons are site-specific eukaryotic non-long terminal repeat retrotransposons that copy and paste into gene loci encoding ribosomal RNAs. Recently, we demonstrated that avian A-clade R2 ...R2 retrotransposons are site-specific eukaryotic non-long terminal repeat retrotransposons that copy and paste into gene loci encoding ribosomal RNAs. Recently, we demonstrated that avian A-clade R2 proteins achieve efficient and precise insertion of transgenes into their native safe-harbor loci in human cells. The features of A-clade R2 proteins that support gene insertion are not well characterized. Here, we report high-resolution cryo-electron microscopy structures of two vertebrate A-clade R2 proteins at the initiation of target-primed reverse transcription and after cDNA synthesis and second-strand nicking. Using biochemical and cellular assays, we illuminate the basis for high selectivity of template use and unique roles for each of the three zinc-finger domains in nucleic acid recognition. Reverse transcriptase active site architecture is reinforced by an unanticipated insertion motif specific to vertebrate A-clade R2 proteins. Our work provides the first insights into A-clade R2 protein structure during gene insertion and may enable future improvement and adaptation of R2-based systems for precise transgene insertion.
リンクSci Adv / PubMed:40540573 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 4.6 Å
構造データ

49515

9nl2

EMDB-49515, PDB-9nl2:
Structure of R2 retrotransposon protein from Platysternon megacephalum initiating target-primed reverse transcription
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

49516

9nl3

EMDB-49516, PDB-9nl3:
Structure of R2 retrotransposon protein from Taeniopygia guttata initiating target-primed reverse transcription
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

49517

9nl4

EMDB-49517, PDB-9nl4:
Structure of R2 retrotransposon protein from Platysternon megacephalum after second strand nicking
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-TTP:
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP

由来
  • platysternon megacephalum (爬虫類)
  • synthetic construct (人工物)
  • taeniopygia guttata (キンカチョウ)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / Retrotransposon / Reverse transcriptase / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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