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Structure paper

タイトルDiameTR: A cryo-EM tool for diameter sorting of tubular samples.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol X, Vol. 12, Page 100136, Year 2025
掲載日2025年9月2日
著者Ruizhi Peng / Heidy Elkhaligy / Timothy Grant / Scott M Stagg /
PubMed 要旨Tubular structures are ubiquitous in biological systems and have been a focal point of cryo-electron microscopy (cryo-EM) structural analysis since the technique's inception. A critical step in ...Tubular structures are ubiquitous in biological systems and have been a focal point of cryo-electron microscopy (cryo-EM) structural analysis since the technique's inception. A critical step in processing tubular cryo-EM data is particle classification by diameter, as uniformity in diameter is a prerequisite for high-resolution three-dimensional reconstructions. Conventional methods rely on cross-correlation-based algorithms, which require prior knowledge to generate reference images, or iterative two-dimensional (2D) classification, that align and cluster particles into a predefined number of classes-a process that is both time-consuming and subjective. To address these limitations, we developed diameTR, a computational tool that rapidly determines tubular diameters in a prior knowledge-free and reference-free manner using GPU-accelerated processing on a per-particle basis. When applied to homogeneous datasets, diameTR yields narrow diameter distributions aligning closely with published values. For heterogeneous samples, it enables the separation of subsets with distinct diameters, validated by 2D averaging. Notably, diameTR identified an unreported smaller diameter subset of particles with new helical symmetry parameters in the previously published KpFtsZ-Monobody dataset. Collectively, diameTR represents a robust, efficient solution for diameter determination in tubular cryo-EM samples, eliminating the need for extensive human intervention while significantly accelerating processing.
リンクJ Struct Biol X / PubMed:41473458 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.59 Å
構造データ

EMDB-49484: Cryo-EM structure of KpFtsZ-monobody double helical tube with smaller diameter refined from EMPIAR-11425
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.59 Å

由来
  • Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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