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タイトルIn situ insights into antibody-mediated neutralization of a pre-fusion Junin virus glycoprotein complex.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 44, Issue 7, Page 115971, Year 2025
掲載日2025年7月8日
著者Lily J Taylor / Michael R Sawaya / Jonna B Westover / Chenyi Wang / Frederick Jimenez / Aldo J Muñoz / Julian Whitelegge / Brian B Gowen / Gustavo F Helguera / Roger Castells-Graells / Jose A Rodriguez /
PubMed 要旨A transmembrane glycoprotein complex (GPC) decorates the Junin mammarenavirus (JUNV) that causes New World hemorrhagic fevers. We leveraged single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) to image ...A transmembrane glycoprotein complex (GPC) decorates the Junin mammarenavirus (JUNV) that causes New World hemorrhagic fevers. We leveraged single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) to image the full-length JUNV GPC directly on pseudotyped virus (PV) membranes and bound by two JUNV-neutralizing antibodies: Candid#1 vaccine-elicited CR1-28 and J199, a potent therapeutic against Argentine hemorrhagic fever (AHF). The 3.8 Å resolution in situ structures of the antibody-neutralized, 3-fold symmetric JUNV GPC reveal its ectodomain architecture, signal peptide-bound transmembrane region, zinc-binding luminal domain, and post-translational modifications. JUNV-GPC sequence variants highlight the functional importance of the signal peptide transmembrane helix register for virus infection and attenuating Candid#1-associated variants. Overlapping CR1-28 and J199 epitopes suggest a common receptor-blocking mechanism for JUNV neutralization, while a J199-induced, symmetric GPC reorientation may further drive its potent inhibition of JUNV lethality in mice, compared to receptor blockade alone. This underscores the utility of in situ insights into GPC function and neutralization.
リンクCell Rep / PubMed:40632652 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 Å
構造データ

48221

9mew

EMDB-48221, PDB-9mew:
JUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a pseudotyped virus membrane
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

48781

9n0d

EMDB-48781, PDB-9n0d:
JUNV GP1, GP2, SSP complex with neutralizing antibody in a pseudotyped virus membrane
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • mammarenavirus juninense (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Viral protein / Glycoprotein / GPC / JUNV / Junin mammarenavirus / GP1 / GP2 / signal peptide / virus membrane / CR1-28 Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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