[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-EM structure of apo-form human DNA polymerase δ elucidates its minimal DNA synthesis activity without PCNA.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 301, Issue 4, Page 108342, Year 2025
掲載日2025年2月22日
著者Yeonoh Shin / Mark Hedglin / Katsuhiko S Murakami /
PubMed 要旨DNA polymerase δ (Pol δ) is a key enzyme in eukaryotic DNA replication and genome maintenance, essential for lagging strand synthesis, leading strand initiation, and DNA repair. While human Pol δ ...DNA polymerase δ (Pol δ) is a key enzyme in eukaryotic DNA replication and genome maintenance, essential for lagging strand synthesis, leading strand initiation, and DNA repair. While human Pol δ exhibits high activity and processivity in its holoenzyme form complexed with proliferating cell nuclear antigen (PCNA), it shows minimal DNA synthesis activity without PCNA, the molecular basis of which remains unclear. Here, we present the cryo-EM structure of the apo-form human Pol δ, comprising the catalytic subunit p125 and regulatory subunits p66, p50, and p12, at an overall resolution of 3.65 Å. We identified an acidic α-helix at the N terminus of p125, which occupies the single-stranded DNA-binding cavity within the polymerase domain in the apo-form Pol δ. This interaction likely inhibits DNA binding in the absence of PCNA, explaining the low activity of apo-form Pol δ. The acidic α-helix is absent in yeast Pol δ, providing a molecular explanation for species-specific differences in PCNA-independent Pol δ activity. These findings provide critical insights into the regulatory mechanisms of Pol δ and its reliance on PCNA for efficient DNA synthesis.
リンクJ Biol Chem / PubMed:39993528 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.65 Å
構造データ

48117

9ekb

EMDB-48117, PDB-9ekb:
Cryo-EM structure of apo-form human DNA polymerase delta
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.65 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードREPLICATION / DNA polymerase delta / human / cryo-EM

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る