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タイトルThe N terminus of H3-influenza hemagglutinin as a site-of-vulnerability to neutralizing antibody.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 11, Page 1820-11830.e4, Year 2025
掲載日2025年11月6日
著者Reda Rawi / Nicholas C Morano / Crystal Sao-Fong Cheung / Haijuan Du / Jason Gorman / Madhu Prabhakaran / Jordan E Becker / Tatsiana Bylund / Sam Charaf / Xuejun Chen / Myungjin Lee / Darcy R Harris / Adam S Olia / Li Ou / Lingshu Wang / Shuishu Wang / Baoshan Zhang / Masaru Kanekiyo / Adrian B McDermott / Tongqing Zhou / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong /
PubMed 要旨The N terminus of the H3 subtype of influenza virus hemagglutinin is ∼10 residues longer than the N termini of most other hemagglutinins. As conserved, exposed, and linear regions may be good ...The N terminus of the H3 subtype of influenza virus hemagglutinin is ∼10 residues longer than the N termini of most other hemagglutinins. As conserved, exposed, and linear regions may be good vaccine targets, we investigated the vaccine utility of the extended H3-N terminus. First, we identified antibody 5E10, for which structure and binding analyses revealed recognition of the H3-N terminus. Second, we immunized mice with immunogens incorporating the H3-N terminus, boosted with hemagglutinin trimer, and isolated antibodies from immunogen-elicited B cells that bound both H3-N terminus and hemagglutinin trimer. However, hemagglutinin-complex structures of two such antibodies, 3864-6 and 3864-10, that neutralized H3-influenza strains, revealed only peripheral recognition of the hemagglutinin N terminus. Collectively, these results reveal the N terminus of H3 hemagglutinin to be a suboptimal vaccine target and suggest that-in addition to being conserved, flexible, and accessible-other factors influence the elicitation of potent broadly neutralizing responses.
リンクStructure / PubMed:40816277 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.63 - 3.89 Å
構造データ

48078

9ei8

EMDB-48078, PDB-9ei8:
Cryo-EM structure of 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singapore 2016 HA trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.83 Å

48079

9ei9

EMDB-48079, PDB-9ei9:
Cryo-EM structure of 5E10 Fab in complex with H3 influenza Victoria 2011 HA trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.89 Å

PDB-9e69:
Antibody 5E10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.63 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / HA / influenza / flu / N-term / H3 / sing16

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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