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タイトルAllosteric regulation of fungal fatty acid synthesis.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 12, Page 2041-22048.e4, Year 2025
掲載日2025年12月4日
著者S M Naimul Hasan / Elnaz Khalili Samani / Alexander F A Keszei / Mahtab Heydari / Mohammad T Mazhab-Jafari /
PubMed 要旨Mycobiota fatty acid synthases (FASs) catalyze iterative cycles of condensation, dehydration, and reduction to produce saturated fatty acids. Although these multienzymes are attractive antifungal ...Mycobiota fatty acid synthases (FASs) catalyze iterative cycles of condensation, dehydration, and reduction to produce saturated fatty acids. Although these multienzymes are attractive antifungal drug targets, no clinically approved small-molecule inhibitors exist, and the regulation of de novo fatty acid synthesis remains poorly understood. Here, we identify an allosteric regulation of the FAS ketoacyl reduction reaction by palmitoyl-CoA. The palmitate moiety binds a distal site on the central wheel of fungal FAS from Saccharomyces cerevisiae and Candida albicans. This site also accommodates shorter acyl chains, but only palmitoyl-CoA suppresses ketoacyl reductase (KR) activity. While no major conformational changes occur in the reductase domain, palmitoyl-CoA binding quenches dynamics in the central disk, improving local resolution and stabilizing structured water molecules. This entropic effect underlies allosteric communication to the reductase site. Our findings uncover a regulatory mechanism of fungal FAS exploitable for antifungal drug design.
リンクStructure / PubMed:41043416
手法EM (単粒子)
解像度2.08 - 2.66 Å
構造データ

46552

9d47

EMDB-46552, PDB-9d47:
Atomic model of Candida albicans Fatty Acid Synthase (FAS) in complex with Palmitoyl-CoA (in vitro binding)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

46553

9d48

EMDB-46553, PDB-9d48:
Atomic model of Ketoacyl Reductase domain and 4 helical bundle of Candida albicans Fatty Acid Synthase (FAS) in complex with Palmitoyl-CoA (in vivo binding)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

46554

9d49

EMDB-46554, PDB-9d49:
Atomic model of triple mutant S. cerevisiae Fatty Acid Synthase (FAS) in complex with Palmitoyl-CoA (in vitro binding)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.65 Å

46555

9d4a

EMDB-46555, PDB-9d4a:
Atomic model of Ketoacyl Reductase domain and 4 helical bundle of S. cerevisiae Fatty Acid Synthase (FAS) in complex with octanoyl-CoA (in vitro binding)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.61 Å

71284

9p4v

EMDB-71284, PDB-9p4v:
Atomic model of wild type S. cerevisiae Fatty Acid Synthase (FAS) in complex with Palmitoyl-CoA (in vitro binding)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.08 Å

71285

9p4w

EMDB-71285, PDB-9p4w:
Atomic model of wild type S. cerevisiae Fatty Acid Synthase (FAS)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.29 Å

化合物

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

ChemComp-PKZ:
Palmitoyl-CoA / パルミトイルCoA

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-SXO:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] octanethioate

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

由来
  • candida albicans (酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Palmitoyl-CoA / FAS / allosteric inhibition / octanoyl-CoA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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