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タイトルStructural insights from vaccine candidates for EV-D68.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 860, Year 2025
掲載日2025年6月4日
著者Jiaxuan Cheng / Peter W Krug / Haotian Lei / Daniel L Moss / Zabrina C Lang / Abraham J Morton / Chen-Hsiang Shen / Sergei Pletnev / Rick K Huang / Theodore C Pierson / Tongqing Zhou / Tracy J Ruckwardt / Peter D Kwong /
PubMed 要旨Enterovirus D68 (EV-D68), a member of the Picornaviridae family, causes respiratory illness and can lead to acute flaccid myelitis in children. No specific treatment or vaccine is available. Here, we ...Enterovirus D68 (EV-D68), a member of the Picornaviridae family, causes respiratory illness and can lead to acute flaccid myelitis in children. No specific treatment or vaccine is available. Here, we determine cryo-EM structures of EV-D68 virus-like particles (VLPs), inactivated virus particles (InVPs), and altered virus particles (A-particles) from B3 and A2 subclades. The B3 VLP is a current vaccine candidate, which we show closely resembles its InVP counterpart, particularly at the 5-fold axis of symmetry, the target of potent neutralizing antibodies. Similar structural conservation was observed in the A2 subclade. Sequence variation between B3 and A2 mainly occurred in flexible loops displayed on the particle surface. A canyon-filling pocket factor was present in B3 InVP but absent in A2 InVP. A-particles were predominant in β-propiolactone-inactivated virus at longer but not shorter incubation. Overall, our findings highlight EV-D68 similarities and subclade-specific differences, offering structural insights that relate to vaccine development.
リンクCommun Biol / PubMed:40467847 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.42 - 3.96 Å
構造データ

45171

9c3j

EMDB-45171, PDB-9c3j:
Cryo-EM structure of EV-D68 B3 Virus-like particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.42 Å

45179

9c4a

EMDB-45179, PDB-9c4a:
Cryo-EM Structure of EV-D68 Vaccine Candidate - A2 Subclade Virus-like Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.43 Å

45303

9c8f

EMDB-45303, PDB-9c8f:
Cryo-EM Structure of EV-D68 B3 A-Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

45304

9c8g

EMDB-45304, PDB-9c8g:
Cryo-EM Structure of EV-D68 A2 Inactivated Virus Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

45305

9c8h

EMDB-45305, PDB-9c8h:
Cryo-EM Structure of EV-D68 A2 A-Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

45306

9c8i

EMDB-45306, PDB-9c8i:
Cryo-EM Structure of EV-D68 B3 Inactivated Virus Particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

由来
  • human enterovirus d68 (エンテロウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / EV-D68 / B3 subclade / VLP / VIRUS-LIKE PARTICLE / A2 subclade

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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