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Structure paper

タイトルRevealing nanoscale structure and interfaces of protein and polymer condensates cryo-electron microscopy.
ジャーナル・号・ページNanoscale, Vol. 16, Issue 35, Page 16706-16717, Year 2024
掲載日2024年9月12日
著者Aoon Rizvi / Bruna Favetta / Nora Jaber / Yun-Kyung Lee / Jennifer Jiang / Nehal S Idris / Benjamin S Schuster / Wei Dai / Joseph P Patterson /
PubMed 要旨Liquid-liquid phase separation (LLPS) is a ubiquitous demixing phenomenon observed in various molecular solutions, including in polymer and protein solutions. Demixing of solutions results in ...Liquid-liquid phase separation (LLPS) is a ubiquitous demixing phenomenon observed in various molecular solutions, including in polymer and protein solutions. Demixing of solutions results in condensed, phase separated droplets which exhibit a range of liquid-like properties driven by transient intermolecular interactions. Understanding the organization within these condensates is crucial for deciphering their material properties and functions. This study explores the distinct nanoscale networks and interfaces in the condensate samples using a modified cryo-electron microscopy (cryo-EM) method. The method involves initiating condensate formation on electron microscopy grids to limit droplet growth as large droplet sizes are not ideal for cryo-EM imaging. The versatility of this method is demonstrated by imaging three different classes of condensates. We further investigate the condensate structures using cryo-electron tomography which provides 3D reconstructions, uncovering porous internal structures, unique core-shell morphologies, and inhomogeneities within the nanoscale organization of protein condensates. Comparison with dry-state transmission electron microscopy emphasizes the importance of preserving the hydrated structure of condensates for accurate structural analysis. We correlate the internal structure of protein condensates with their amino acid sequences and material properties by performing viscosity measurements that support that more viscous condensates exhibit denser internal assemblies. Our findings contribute to a comprehensive understanding of nanoscale condensate structure and its material properties. Our approach here provides a versatile tool for exploring various phase-separated systems and their nanoscale structures for future studies.
リンクNanoscale / PubMed:39171763 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-43500: Cryo-electron tomography of wildtype LAF-1 RGG domain protein condensates with fibrous necks
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43502: Cryo-Electron Tomography of Wildtype LAF-1 RGG Domain Condensate with Core/Shell Structure
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43503: Cryo-Electron Tomography of Wildtype LAF-1 RGG domain Condensate
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43504: Cryo-Electron Tomography of LAF-1 RGG Charge-Separated SH Mutant Condensate
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Caenorhabditis elegans (センチュウ)
  • synthetic construct (人工物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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