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タイトルEjectosome of bacteriophage ΦM1.
ジャーナル・号・ページPNAS Nexus, Vol. 3, Issue 9, Page pgae416, Year 2024
掲載日2024年9月19日
著者Alice-Roza Eruera / James Hodgkinson-Bean / Georgia L Rutter / Francesca R Hills / Rosheny Kumaran / Alexander J M Crowe / Nickhil Jadav / Fangfang Chang / Klemens McJarrow-Keller / Fátima Jorge / Jaekyung Hyun / Hyejin Kim / Bumhan Ryu / Mihnea Bostina /
PubMed 要旨Podophages that infect gram-negative bacteria, such as pathogen ΦM1, encode tail assemblies too short to extend across the complex gram-negative cell wall. To overcome this, podophages encode a ...Podophages that infect gram-negative bacteria, such as pathogen ΦM1, encode tail assemblies too short to extend across the complex gram-negative cell wall. To overcome this, podophages encode a large protein complex (ejectosome) packaged inside the viral capsid and correspondingly ejected during infection to form a transient channel that spans the periplasmic space. Here, we describe the ejectosome of bacteriophage ΦM1 to a resolution of 3.32 Å by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The core consists of tetrameric and octameric ejection proteins which form a ∼1.5-MDa ejectosome that must transition through the ∼30 Å aperture created by the short tail nozzle assembly that acts as the conduit for the passage of DNA during infection. The ejectosome forms several grooves into which coils of genomic DNA are fit before the DNA sharply turns and goes down the tunnel and into the portal. In addition, we reconstructed the icosahedral capsid and hybrid tail apparatus to resolutions between 3.04 and 3.23 Å, and note an uncommon fold adopted by the dimerized decoration proteins which further emphasize the structural diversity of podophages. These reconstructions have allowed the generation of a complete atomic model of the ΦM1, uncovering two distinct decoration proteins and highlighting the exquisite structural diversity of tailed bacteriophages.
リンクPNAS Nexus / PubMed:39351541 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.98 - 10.32 Å
構造データ

43109

8vb0

EMDB-43109, PDB-8vb0:
Asymmetric unit of bacteriophage PhiM1 mature capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

43110

8vb2

EMDB-43110, PDB-8vb2:
C4 pre-infection ejectosome of the mature bacteriophage PhiM1 particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-43111: Pectobacterium phage PhiM1 ejectosome C8 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

43112

8vb4

EMDB-43112, PDB-8vb4:
C12 portal and adaptor complex of the mature bacteriophage PhiM1 particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

43127

8vbx

EMDB-43127, PDB-8vbx:
C6 nozzle and fibre complex of the mature bacteriophage PhiM1 particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-43132: Asymmetric composite map of Pectobacterium phage PhiM1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.29 Å

EMDB-43135: Pectobacterium phage PhiM1 D12 capsid dimer map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.32 Å

EMDB-46790: Asymmetric reconstruction of the PhiM1 tail and ejectosome complexes.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.97 Å

由来
  • pectobacterium phage phim1 (ファージ)
キーワードVIRUS / Mature capsid / Bacteriophage / Decoration protein / alpha-claw / VIRAL PROTEIN / ejectosome / internal core / internal proteins / core / mature phage / portal / phage / phage portal / portal complex / adaptor protein / portal adaptor complex / podophage / autographiviridae / Tail / fiber / fibre / complex / nozzle / protein / assembly

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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