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タイトルMolecular parameters governing antibody FcγR signaling and effector functions in the context of HIV envelope.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 44, Issue 4, Page 115331, Year 2025
掲載日2025年4月22日
著者Michael V Bick / Eduard Puig / David Beauparlant / Rebecca Nedellec / Iszac Burton / Keihvan Ardaghi / Thea R Zalunardo / Raiza Bastidas / Xuduo Li / Javier Guenaga / Wen-Hsin Lee / Richard Wyatt / Wenwen Zhu / Max Crispin / Gabriel Ozorowski / Andrew B Ward / Dennis R Burton / Lars Hangartner /
PubMed 要旨Antibody effector functions contribute to the immune response to pathogens and can influence the efficacy of antibodies as therapeutics. To date, however, there is limited information on the ...Antibody effector functions contribute to the immune response to pathogens and can influence the efficacy of antibodies as therapeutics. To date, however, there is limited information on the molecular parameters that govern fragment crystallizable (Fc) effector functions. In this study, using AI-assisted protein design, the influences of binding kinetics, epitope location, and stoichiometry of binding on cellular Fc effector functions were investigated using engineered HIV-1 envelope as a model antigen. For this antigen, stoichiometry of binding was found to be the primary molecular determinant of FcγRIIIa signaling, antibody-dependent cellular cytotoxicity, and antibody-dependent cellular phagocytosis, while epitope location and antibodybinding kinetics, at least in the ranges investigated, were of no substantial impact. These findings are of importance for informing the development of vaccination strategies against HIV-1 and, possibly, other viral pathogens.
リンクCell Rep / PubMed:40158219
手法EM (単粒子)
解像度25.0 - 34.0 Å
構造データ

EMDB-42907: sRT-V2t NFL trimer in complex with 12CA5 Fab and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 32.0 Å

EMDB-42908: sRT-V1 NFL trimer in complex with 12CA5 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-42909: sRT-V3 NFL trimer in complex with 12CA5 Fab and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 34.0 Å

EMDB-42910: sRT-Bttm NFL trimer in complex with 12CA5 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-42912: sRT-C3V5 NFL trimer in complex with 12CA5 Fab and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-42913: sRT-V4 NFL trimer in complex with 12CA5 Fab and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 33.0 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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