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タイトルThe NCR1 transporter is an antimalarial target that exports cholesterol from the parasite's plasma membrane.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 51, Page eadq6651, Year 2024
掲載日2024年12月20日
著者Zhemin Zhang / Meinan Lyu / Xu Han / Sepalika Bandara / Meng Cui / Eva S Istvan / Xinran Geng / Marios L Tringides / William D Gregor / Masaru Miyagi / Jenna Oberstaller / John H Adams / Youwei Zhang / Marvin T Nieman / Johannes von Lintig / Daniel E Goldberg / Edward W Yu /
PubMed 要旨Malaria, a devastating parasitic infection, is the leading cause of death in many developing countries. Unfortunately, the most deadliest causative agent of malaria, , has developed resistance to ...Malaria, a devastating parasitic infection, is the leading cause of death in many developing countries. Unfortunately, the most deadliest causative agent of malaria, , has developed resistance to nearly all currently available antimalarial drugs. The Niemann-Pick type C1-related (PfNCR1) transporter has been identified as a druggable target, but its structure and detailed molecular mechanism are not yet available. Here, we present three structures of PfNCR1 with and without the functional inhibitor MMV009108 at resolutions between 2.98 and 3.81 Å using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), suggesting that PfNCR1 binds cholesterol and forms a cholesterol transport tunnel to modulate the composition of the parasite plasma membrane. Cholesterol efflux assays show that PfNCR1 is an exporter capable of extruding cholesterol from the membrane. Additionally, the inhibition mechanism of MMV009108 appears to be due to a direct blockage of PfNCR1, preventing this transporter from shuttling cholesterol.
リンクSci Adv / PubMed:39693420 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.98 - 3.81 Å
構造データ

42854

8v0g

EMDB-42854, PDB-8v0g:
plasmodium falciparum Niemann-Pick type C1-related protein form I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

42878

8v12

EMDB-42878, PDB-8v12:
plasmodium falciparum Niemann-Pick type C1-related protein form II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.81 Å

42885

8v1g

EMDB-42885, PDB-8v1g:
plasmodium falciparum Niemann-Pick type C1-related protein bound with MMV009108
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


化合物 画像なし

ChemComp-Y6F:
Unknown entry

由来
  • plasmodium falciparum 3d7 (マラリア病原虫)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Niemann-Pick type C1-related protein / NCR1 / cholesterol transporter / plasmodium falciparum

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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