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タイトルStructural basis for catalysis and selectivity of phospholipid synthesis by eukaryotic choline-phosphotransferase.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 111, Year 2025
掲載日2025年1月2日
著者Jacquelyn R Roberts / Yasuhiro Horibata / Frank E Kwarcinski / Vinson Lam / Ashleigh M Raczkowski / Akane Hubbard / Betsy White / Hiroyuki Sugimoto / Gregory G Tall / Melanie D Ohi / Shoji Maeda /
PubMed 要旨Phospholipids are the most abundant component in lipid membranes and are essential for the structural and functional integrity of the cell. In eukaryotic cells, phospholipids are primarily ...Phospholipids are the most abundant component in lipid membranes and are essential for the structural and functional integrity of the cell. In eukaryotic cells, phospholipids are primarily synthesized de novo through the Kennedy pathway that involves multiple enzymatic processes. The terminal reaction is mediated by a group of cytidine-5'-diphosphate (CDP)-choline /CDP-ethanolamine-phosphotransferases (CPT/EPT) that use 1,2-diacylglycerol (DAG) and CDP-choline or CDP-ethanolamine to produce phosphatidylcholine (PC) or phosphatidylethanolamine (PE) that are the main phospholipids in eukaryotic cells. Here we present the structure of the yeast CPT1 in multiple substrate-bound states. Structural and functional analysis of these binding-sites reveal the critical residues for the DAG acyl-chain preference and the choline/ethanolamine selectivity. Additionally, we present the structure in complex with a potent inhibitor characterized in this study. The ensemble of structures allows us to propose the reaction mechanism for phospholipid biosynthesis by the family of CDP-alcohol phosphotransferases (CDP-APs).
リンクNat Commun / PubMed:39747155 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.71 Å
構造データ

42357

8ul9

EMDB-42357, PDB-8ul9:
Cholinephosphotransferase in complex with diacylglycerol
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

42496

8urp

EMDB-42496, PDB-8urp:
Cholinephosphotransferase in complex with CDP-choline and phosphatidylcholine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

42500

8urt

EMDB-42500, PDB-8urt:
Cholinephosphotransferase in complex with selective inhibitor chelerythrine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-46969: Cholinephosphotransferase in complex with diacylglycerol in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC / DOPC, リン脂質*YM

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CDC:
[2-CYTIDYLATE-O'-PHOSPHONYLOXYL]-ETHYL-TRIMETHYL-AMMONIUM

ChemComp-PCF:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

ChemComp-CTI:
1,2-dimethoxy-12-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c]phenanthridin-12-ium / ケレリトリン / 阻害剤, alkaloid*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Lama glama (ラマ)
  • Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / lipid metabolism / phospholipid synthesis / membrane protein enzyme / choline metabolism

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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