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タイトルStructure and activation of the human autophagy-initiating ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 9, Page 1596-1605, Year 2025
掲載日2025年5月29日
著者Minghao Chen / Thanh N Nguyen / Xuefeng Ren / Grace Khuu / Annan S I Cook / Yuanchang Zhao / Ahmet Yildiz / Michael Lazarou / James H Hurley /
PubMed 要旨The Unc-51-like kinase protein kinase complex (ULK1C) is the most upstream and central player in the initiation of macroautophagy in mammals. Here, we determined the cryo-electron microscopy ...The Unc-51-like kinase protein kinase complex (ULK1C) is the most upstream and central player in the initiation of macroautophagy in mammals. Here, we determined the cryo-electron microscopy structure of the human ULK1C core at amino-acid-level resolution. We also determined a moderate-resolution structure of the ULK1C core in complex with another autophagy core complex, the class III phosphatidylinositol 3-OH kinase complex I (PI3KC3-C1). We show that the two complexes coassemble through extensive contacts between the FIP200 scaffold subunit of ULK1C and the VPS15, ATG14 and BECN1 subunits of PI3KC3-C1. The FIP200:ATG13:ULK1 core of ULK1C undergoes a rearrangement from 2:1:1 to 2:2:2 stoichiometry in the presence of PI3KC3-C1. This suggests a structural mechanism for the initiation of autophagy through formation of a ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex and dimerization of ULK1 on the FIP200 scaffold.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:40442316 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.26 - 6.84 Å
構造データ

EMDB-41051: Local refinement map (1/3) of the human ULK1 complex core (EMD-40658)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

EMDB-41052: Consensus map of the human ULK1 complex core (EMD-40658)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-41053: Local refinement map (2/3) of the human ULK1 complex core (EMD-40658)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

EMDB-41054: Local refinement map (3/3) of the human ULK1 complex core (EMD-40658)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.15 Å

EMDB-41055: Consensus map of the human PI3KC3-C1 complex (EMD-40669)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

EMDB-41056: Local refinement map (1/2) of the human PI3KC3-C1 complex (EMD-40669)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-41057: Local refinement map (2/2) of the human PI3KC3-C1 complex (EMD-40669)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

45297

9c82

EMDB-45297, PDB-9c82:
Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.84 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Autophagy / Protein kinase / Lipid kinase / Supercomplex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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